大三巴牌坊三层三组两幅壁画分别位于圣母导航图左侧的扶壁墙和圣母站龙头图右侧的扶壁墙。左侧壁画为一只被箭射中身体倒地而亡的狮子。狮头前方墙面装饰顺时针方向的阿基米德螺线，螺线中心镶嵌十字架图案。狮尾方向的立柱旁刻着一句竖排汉字“鬼是诱人为恶”。（因为拍摄角度限制，下图中只看汉字的左半部分）。在网上查询这句话的含义，结合画面内容，也许可以理解如下：民间关于鬼的传说是迷惑众人作恶的诱饵，如果听信这些谣传就会上当受骗，甚至送掉性命。

三组右侧壁画为一具背后中箭的人形骷髅，人头一侧墙面装饰逆时针方向的阿基米德螺线，螺线中心同样镶嵌十字架图案。人脚一侧墙面雕刻一句竖排汉字 “念死者无为罪”。 这句的意思是，虽然天主教不允许信奉别的神，但是中国人缅怀祖宗是合理的，谓之无为罪。

三层四组的两幅壁画，分别位于三层扶壁墙左右两端。这两幅壁画的外形像两座尖屋顶的小宫殿，且每幅壁画两侧各有一尊圆顶方尖柱，似乎是守卫宫殿的岗哨。左侧壁画内容为一只展翅飞鸽，下方有一扇开启的门；右侧壁画内容为双箭交叉穿过王冠，下方有一扇闭合的门。两幅画的组合寓意为，神明比王权更能打开心灵的门户。

第三层两端扶壁墙外侧，装饰有中国舞狮造型的石狮（下图红色框线内）。两只狮子笑口常开，似在隔空祝福，相互问候。

在大三巴牌坊的各层中，第三层的雕塑和壁画最精美，内容最丰富。不但具有明显的非传统的天主教的形式及内容，而且其中有三个雕像分别附刻汉语说明，这在其它各层都没有。

第四层墙面有四根壁柱，左右有弧形扶壁墙，扶壁墙两端装饰有方尖柱，柱子外侧各有一只回头遥望、做相互呼应状的石狮。

第四层是圣婴层，当中位置的壁龛里供奉圣婴铜像。壁龛左右两侧的墙面上雕刻着将耶稣钉在十字架上时所使用的刑具：十字架、鞭子、锤子、荆棘冠、长矛、钉子、梯子等。

圣婴壁龛左右各有两根壁柱，壁柱之间雕刻有护佑耶稣的天使。

第五层是圣灵层，整体呈三角形。原来是教堂屋顶的山墙，现在还保留着先前的屋檐。墙面镶嵌象征圣灵的铜鸽；铜鸽周围雕刻太阳、月亮及星辰，象征圣母童贞怀孕的刹那时光。

三角形山墙上方有四根蜡烛造型的装饰柱；当中是代表天主教的十字架。

大三巴牌坊雕刻精细，巍峨壮观。牌坊上各种雕像栩栩如生，用雕塑和壁画讲述了圣灵、圣婴、圣母的故事，堪称“立体的圣经”  。

大三巴牌坊的壁画图案和内容中西合璧，极具特色。壁画中既有代表教堂名称的葡语文字，也有说明壁画寓意的汉字短语；既有在中国象征吉祥富贵的牡丹，也有在西方国家象征和平的橄榄树；既有长翅膀的奏乐天使，也有寓意欢乐的中国舞狮。

大三巴牌坊充分体现了东西方文化的交汇融合，在全世界的天主教堂当中独一无二。