与人共生的微生物是自小就开始建立的，每个时期我们体内的菌种不尽相同，随着年龄不断改变。但一定数量、相对平衡的有益菌对人体健康至关重要，而这个平衡的基础就建于人生的初期。

早在1989年，英国研究者就发现哥哥姐姐越多的孩子越不容易过敏，他们将之归功于细菌，家里孩子越多环境越脏，而这种脏环境似乎起到了保护作用。之后意大利学者发现得过甲肝的孩子也不容易过敏，澳洲的研究说明住在农场里的孩子过敏机率比城镇小得多，而且离牛场越近机率越低，他们也将之归功到环境中病毒细菌的保护作用。美国学者发现童年时常用抗生素的孩子容易过敏，而发达国家在用抗生素成功歼灭许多传染病的同时过敏病却扶摇直上。人体的共生菌优化免疫，减少免疫过热而造成的过敏症-皮肤炎、哮喘、鼻炎等。

但有益菌的功效不止于此，它甚至被认为能治病和延年益寿。意大利研究发现它对婴儿腹部绞痛哭闹有高达95%的治愈率，美国研究发现它能缩短和减少儿童的腹泻，包括细菌或病毒造成的腹泻，以及抗生素造成的腹泻。而不常腹泻的小孩大便中的双歧杆菌（一种有益菌）比常腹泻的孩子多。另外，有益菌还用来治疗回肠炎。而有益菌最初的研究，就是因为吃很多酸乳的保加利亚农夫很长寿，使诺贝尔奖得主Mechnikov推论有益菌能促进健康，延年益寿。

这些细菌是如何起到这些作用的呢？研究认为有益菌能使肠壁更紧密，增加肠胃膜的厚度，并和有害菌竞争，使有害菌不易通过肠胃进入人体。有些有益菌还能产乳酸，杀死有害菌。

大部分人认为吃酸奶就能补充有益菌，但要取得可靠的效果，一般还需借助于有益菌的补充剂。这些补充剂可以做成药丸、药片、药囊、或粉状（加入饮料中），有每天补充两次的，也有每周补充数次的。选择时最重要的要看其中活菌的数量和菌株：活菌的数量应至少在一亿以上，而菌株则应看要治疗的疾病而异。买来后的有益菌最好能低温密封保存，因为空气中湿气会危及有益菌的成活，过期的有益菌通常也已失效。