人体是一个细菌病毒和细胞共生的个体，二者处于相互支持的和平状态，只有当这种状态打破时，人体才受感染，引发疾病。打破这种平衡的常见状况，包括了伤口或其它疾病使菌毒转移寄生地，比如从肠胃转到皮肤；或者菌毒从动物转到感染人类，比如从鸟禽转到人，从猪转到人等，禽流感就是一个显著的例子；还有细菌病毒突变，从不致病变成致病；但最常见的一种，是人体本身的免疫力下降，使原本不会致病的菌毒转而能引起感染，常见于因睡眠不足，精神压力大或生病体虚的人。比如寄生于肠道和皮肤的念珠菌在人体免疫力低时会造成真菌感染。

人类与菌毒的战斗由来已久，而史上牺牲最多的疾病也都是细菌病毒造成的。1918年的西班牙流感席卷美国，使当时的人均寿命降至最低点。由于引起流感的病毒善于突变，至今每年伤于流感的人仍不计其数。美国每年有20万人因流感而进医院，而其中三万五千人因流感死亡，可见流感仍是一个显要的公共卫生问题。

除了保温，预防流感的一种有效措施是打流感疫苗。但由于该疫苗一般提前生产，而每年流行的流感病毒可能不同而且难以预测，流感疫苗常达不到最佳效果。但即便如此，大部分情况下，它仍然能起到一定的保护作用。打流感疫苗用的是灭活的病毒，不会导致流感，但可能会引起一些轻微的感冒症状，比如发烧。流感疫苗必须两三周后才奏效，因此在这之间仍然有得流感的可能性。注射的流感疫苗使用于大部分人，成人仅需注射一次，儿童需两次。但还有另一种疫苗是喷鼻的，用的是活的改变过的病毒，因此只推荐健康的人使用。免疫力低下的人并不适合。无论哪一种流感疫苗，对鸡蛋过敏的人不推荐，因为这些病毒都是在鸡蛋内培养的。同时有其它疾病的人也最好等到病好时再接种，否则效果不佳。

流感的另一个危险在于继发性感染，即流感造成免疫低弱，使原本在呼吸道的细菌，尤其是链球菌有机可乘，造成二次感染。链球菌的感染是喉炎、支气管炎、肺炎、鼻炎和耳部感染的首要原因，与流感并为美国造成最多死亡的疾病之一。儿童尤其容易受链球菌的继发性感染，而有一半以上的儿童带有这类菌株。滥用抗生素是造成继发性感染越来越频繁的因素，抗生素一直是对抗这类菌株的主要武器，但由于很多医生滥开抗生素，譬如流感应用的是抗病毒，很多却也得到抗生素的开方，如此一来，抗药的链球菌越来越多，而人类对抗它们的武器越来越少，久而久之，这类感染就越来越盛行，越来越难治。