但也有例外。多喝未滤过的咖啡（一种不常使用的咖啡喝法）会升高胆固醇，每天喝超过4大杯的咖啡（超过500毫克的咖啡因）能造成不寐、怔忡、焦虑、肌肉颤抖、心律不齐等症状。对咖啡这些作用的敏感程度因人而异，体重、年龄、吸烟、吃药、精神压力、健康状况都能影响一个人承受和代谢咖啡因的能力。女性代谢咖啡因的能力通常比男生强。常喝咖啡的人代谢能力比不常喝的人强。对于代谢能力差的人，即使是每天两杯以上的咖啡（200毫克咖啡因）也能升高心脏病机率。因此，如果喝完咖啡有以上种种不适，那还是不喝为好。

然而，咖啡对健康也有不常被提及的好处。咖啡富含抗氧化因子，能减少帕金森氏、二型糖尿病和肝癌的机率。大部分的研究认为，每天不超过2至4杯咖啡（含200至300毫克咖啡因）对健康没有害处，也不会有利尿效应，是比较安全的饮用量。当然，也要考虑自己的承受能力。