ALT主要在肝脏表达，因此是检测肝炎的最佳指标。急性肝炎ALT常升高10倍以上，慢性肝炎ALT在常值和高于常值4倍间徘徊。除此之外，肝硬化，胆管梗阻和肝癌，ALT值也会升高。

AST虽也在肝脏表达，但心脏和肌肉等器官也有，所以检测肝病的作用不如谷丙转氨酶。但临床上常取二者的比值，即AST/ALT。一般的肝病二者比值通常较低，但肝硬化时，或者是酒精造成的肝炎（酒精性肝炎）和肌肉损伤时这一比值会升高。

ALP在肝脏和骨头里都有，所以AP升高可能是肝病，也有可能是骨病（例如骨癌、维生素D缺乏等）。通常如果其它的肝酶升高，那ALP异常就很可能出于肝脏的问题。

ALP对检测胆管梗阻最有用，因为表达ALP高的细胞就在胆管旁，所以ALP常升得比ALT或AST还高。相反的，肝炎的AP不会升得很高。

有些体检没有，但GGT值对肝脏所受的伤害最为敏感，即使是少量酒精对肝脏的影响也能升高GGT。事实上，75%酗酒的人GGT值偏高。肝所受的伤害越大，GGT值越高。

除了肝病，充血性心力衰竭GGT也会升高，而且GGT高的人死于心脏病的危险较大。

胆红素的升高会造成黄疸，是肝功能受损常有的表现之一。虽然各种贫血症总胆红素和间接胆红素也会升高，但临床上可以参考在肝脏生产的綴合胆红素的数值，如果綴合胆红素也高，则意味着胆管或肝脏某部位有堵塞，因为胆红素是要通过胆管被排到胆汁里的。肝炎、肝硬化、肝中毒或酗酒都会令肝受阻而使胆红素升高。

不过也有例外。初生婴儿有一半左右胆红素偏高，尤其是出生后前3天内。这是因为出生时婴儿有许多血红细胞破裂，而婴儿的肝脏尚未成熟，无法处理大批的胆红素，所以胆红素就滞留在血液中。这种情况几天就会好转，通常不足为患。

但胆红素也不应升得过高。初生婴儿尚无法控制进入脑部的物质，所以胆红素过高会伤脑，导致智力低下或听力丧失等后遗症。这种情况有可能意味着婴儿与母亲血型不相容，必须及时治疗。