清朝初年，大批的八旗官兵涌入北京内城，北京内城的汉官汉民，被迫迁居外城，也就是今天的前门以外，永定门以内的地区。内城全部由八旗军驻防，汉官汉民不得居住。八旗都统衙门是北京内城的管理机构。

北京的外城分为东、西、南、北、中五城，五城各设兵马司，隶属于五城巡视御史，巡视御史隶属于都察院，所以御史的办事机关就称为五城察院。康熙十三年设立提督九门步军巡捕五营统领衙门，简称九门提督。

清朝末年推行新政，北京城设内、外城巡警总厅。内城分为二十六个区，外城分为二十个区，各区设置区长和区副，区长为六品或七品官，区副为八品或九品官。 据《清史稿·职官志》记载，北京内外城设置区的行政区划，始于光绪三十二年，即1906年。那时的区主要是警巡区，还不是现在意义上北京城区的行政区，但是清末警巡区的划分，无疑是北京城“区“设置的滥觞，为日后北京城行政区的设置与区划奠定了基础。