何慧晋升副教授后不久担任了教研室主任，正式接下她导师的班。她教学、科研两不误，成果显著，到1997年，晋升副教授4年后，又顺利晋升为教授。这段时间高校迅速发展期，一是扩招，本科生、研究生招生人数翻倍；二是专业增多，原来的系变成学院，原来的一些专业教研室变成系。此外，益州大学与益州工学院合并，益州大学化学系与益州工学院化工系合并，升格为化学化工学院，下设化学系、环境工程系、精细化工系、制药工程系、高分子材料系。原来化学系各教研室的教师也分流到这些新系去。虽然化学系还是那个化学系，教研室还是那些教研室，只是教师少了，负责基础课教学任务重了。分析化学教研室主任是何慧，到1998年只剩下不到十个教师，而且大多数是年轻女教师。从1995年到1998年，何慧和她的同事们处在最困难的时期。教研室面临两个难题，一是按教学及科研经费算工作量、按工作量定编制，二是教研室自己想法创收发奖金。

最初教研室的教师结构不合理，但人员却多，按工作量计算超出编制不少，多余的人怎么办？超编的问题一度造成人心惶惶。由于没法处理大量的超编人员，上级对此并没有具体的办法。唯一可行的就是让一些老教师提前退休，于是有副高及副高以下女教师可在满55岁退休的办法，逐渐缓和了这个矛盾。但超编问题对教研室带来一个新问题，不能逐年引进年轻教师，今后那些老教师退休完后，教研室的教学科研任务如何完成？这是何慧等教研室主任十分担忧的。当然，那是以后的事，只有顺其自然，到时再说吧。

另外一个让何慧等教研室主任最头痛的问题是搞创收，自己解决教师的奖金问题。上世纪八十年代末和九十年代前半段，是高校教师收入最差的时期。那时，大学教师比中小学教师的待遇差多了，差距主要在于奖金。于是学校放开政策，让下面单位想法创收，自己解决奖金问题。怎么搞创收？创收就是想法赚钱。高校教师如何自己赚钱，唯有开办各种计划外的班！各系开始办各种专业的证书班，即招收在职人员，包括工厂、事业单位人员读书。通过两到三年学习，考试合格，获得大学专业证书。这些学生入学得交可观的学费，因而被称为“钱学生”。在这种形势下，何慧必须想办法挣钱，否则她这个主任拿不出钱给大家发奖金。她想法去省教育厅申办了一个“化学分析专科班”，两年学完后可得大专文凭，省内大学理工科及工厂的化学实验人员都可以报名参加，脱产学习。但生源有限，办了两期就办不下去了。办这两届却解决了大问题，让教研室有钱可以给教师发点奖金。这些学生都是长期在实验室工作的实验员，年龄较大，基础较差。有些课程很难按计划完成。比如何慧教的专业英语，就很难过关。但这些人是交钱来读书的“钱学生”，许多是化学化工系统的，不少是熟人，要严格考试过关很难。因此，任课教师向其它专科班的教师取经，采取特殊问题特殊处理得办法，即考试前给学生复习，把要考的内容，甚至考题先给学生讲一遍，到考试时就问题不大了。何慧们都觉得很无奈，那是为了挣钱而作假，简直是给高校教师抹黑，那钱拿得问心有愧，办不下去反而觉得心里好受些。

后来教研室有了另一种创收手段，就是自己编教材自己卖。因为系上，及其它系都办了各种类型的班，不少要学基础化学，但缺乏相应的教材。于是何慧组织教研室的老师编教材，找有关单位印成胶印讲义卖给学生，算是一个创收途径，他们教研室通过卖自编教材算是收到一点钱，度过了那几年自己创收发奖金的困难时期。

几年后这种可悲的局面被控制住了。上级规定不准各系、教研室办班，不准教师印自编讲义卖，这些权利收归学校，学校开始以课时津贴及岗位津贴来解决奖金问题。

奖金问题解决后，师资断层的问题显现出来。到1998年，教研室里老教师基本退休完，教研室里只有何慧一个五十来岁的老教师，和几个二三十岁的年轻教师，人数只有那么几个。从九十年代初何慧任教研室主任后，每年都想法引进一个硕士生或博士生，但大多数工作一两年都先后出国去了，剩下的大多是年轻女教师。98年这一年，这些新进的女教师都陆续请产假，新生进校后有两千多人学基础化学和分析化学专业课，那时包括何慧在内只有四个教师能上课。糟糕的是，师生比越提越高，退休的多，进来的少，原来四十多个人的教研室，到那时包括实验员只剩下十来个人。他们教研室从超编，一下变成严重缺编。他们只得暂时丢下科研，疲于应付教学任务！他们四人的教学工作量都严重超编制工作量。想得过的是，那时学校开始实行按工作量算课时补贴，何慧记得那一年她们的课时补贴每人达到一万多元，在学校到处流传，传得像神话一般。因为那时搞教学工作的人能得到那个数字的课时津贴，的确像个神仙数字，因而引起一些人羡慕、嫉妒，但谁知道那一年他们四人是怎样熬过的？！

到第二年，年轻女教师们产假逐渐结束归队，教研室的师资危机才逐渐解决，总算熬过那最艰难的时期。