刑部审讯戴名世以后，拟处以戴明世凌迟、方孝标已死挫骨扬灰等刑罚。康熙五十二年，大学士等请旨定夺。康熙谕旨，戴名世从宽斩首，方孝标的子孙都从宽免死，连同妻子都充军黑龙江，其他作序等人犯都免于治罪，改入旗籍管制。戴名世被处死后，他的弟弟辅世把灵柩送回老家，葬于南山冈。

    当时雍正还没有继位，已经了解本案情形。雍正元年，特别下诏将流放的人犯都释放回家。原因之一是，康熙误以为曾经给吴三桂做过宰相等官职的方光琛及子侄方学诗、方学礼与方孝标是一家子，而方学诗一直在逃。恰恰《南山集》中又有方学士的称呼，认定方学士就是方学诗。还有书中只用了南明永历的年号，并无悖逆的话语，其实顺治康熙年间，明朝遗老和一般文人的记述中常用南明年号。

    到了乾隆年间，修编《明史》，乾隆皇帝特旨，可以保留南明福王、唐王、桂王等年号，实际上隐含《南山集》使用南明年号无罪之意。