标签：
分子对接
autodock
vina
vinardo
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最近Plos one出了一篇对vina score进行改进的文章
Vinardo: A Scoring Function Based on Autodock
Vina Improves Scoring, Docking, and Virtual Screening
http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0155183
Autodock
Vina的打分是十分接近机器学习的一种形式，几个看似比较怪异无法用物理来解释的项，却表现一直不错，虽然不是在分子打分软件里最准的一个，但绝对是靠前的了。Vina的打分含有两个高斯函数项，一个线性相关的疏水作用项，一个线性相关的氢键项，一个罚分项，最后将代表分子柔性的旋转键数目分布到前面5项中。
这里面没有用LJ势计算范德华力，没有静电相互作用。氢键能量也比Autodock
score简单。但是Vinardo觉得这还不够，干脆把vina打分的长程attraction给去掉了，旋转键数目也不要了，就剩下四项，打分方程变得
标签：
gromacs
namd
mmpbsa
g_mmpbsa
it
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g_mmpbsa的下载：
--------compiling-Gromacs-4.5.5--------
GROMACS需要生成静态库编译
tar zxvf gmx-4.5.5.tar.gz
cd gmx-4.5.5
mkdir build
cd build
cmake ../ -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gmx-4.5.5
make install
-------compiling-APBS-1.3--------------
g_mmpbsa目前不支持APBS-1.4,所以请下载1.2或者1.3
tar zxvf apbs-1.3-source.tar.gz
cd apbs-1.3-source/
./configure --prefix=/opt/apbs-1.3
make
make install
-------compiling-g_mmpbsa--------------
同样下载压缩包，解压后编译
./configure --with-gmx-include=/opt/gromacs-4.5.5/include
--with-gmx-lib=/opt/gromacs-4.5.5/lib
--with-apbs-lib=/usr/local
(2012-12-18 23:48)
#上一个博文中介绍用vmd提取dssp计算的二级结构，生成sec4traj.txt数据文件。然后就是需要做图，如同gmx的do_dssp生成的类似的图。
#导入数据
mysecdata <-
read.table('sec4traj.txt', header=T, check.names=F,
colClasses='character')
#定义为matrix
mysecdata <-
as.matrix(mysecdata)
#拷贝一个进行数据处理
mysec &l
#vmd默认使用stride计算蛋白二级结构，这里给出vmd提出dssp计算的二级结构并输出到一个文件中用于作图，文件输出格式类似Amber的输出格式，其中X代表不规则卷曲或者loop，将以下代码保存为test.tcl可以直接在终端下运行以下命令：
#vmd test.psf test.dcd -dispdev text -e test.tcl
#如果是amber的拓扑文件和轨迹则为
#vmd -parm7 test.prmtop -crdbox test.mdcrd -dispdev text -e test.tcl
#输出的文件为sec4traj.txt
1 # dealing with data in DSSP file
2 proc myproc
标签：
python
遗传算法
曲线拟合
非线性拟合
ic50
4pl
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import sys, math
from pyevolve import G1DList, GSimpleGA, Selectors, Scaling, DBAdapters
#------------------------------------------------------------------
# 从文件中读取数据
ifile = open( 'mydata.txt',
标签：
分子模拟
溶剂可及表面积
solvent
accessible
surface
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1.利用PMV来计算。
PMV计算溶剂可及表面积还是很容易的，有时候可能需要计算每个氨基酸的溶剂可及表面积，有些氨基酸因为深埋于蛋白内部，所以SA面积为零。
首先显示蛋白表面，然后计算，在color的时候可以根据properties给MS着色，着色采用SAS或者SES方法，数值自定。然后打开Python控制台
mol=self.Mols[0]
list=[]
for ress in mol.chains[0].residues:
resarea = str(ress.sas_area)
resname = ress.full_name()
resall = resname + '_'+ resarea
list.append(resall)
list
列出每个氨基酸的SAS。
2.利用VMD计算SAS，只要在控制台下用命令即可得出：
set all [atomselect top 'all']
set some [atomselect top 'resid 1 to 5']
measure sasa 1.4 $all -restrict $some -points sasapoints
foreach pt $sasapoints {
draw point $pt
}
以上可以在窗口中显示出1-5号氨基酸的溶剂可及表面，以point绘出。当然如果不需
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