g_mmpbsa的下载：

--------compiling-Gromacs-4.5.5--------

GROMACS需要生成静态库编译

tar zxvf gmx-4.5.5.tar.gz

cd gmx-4.5.5

mkdir build

cd build

cmake ../ -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gmx-4.5.5

make install

-------compiling-APBS-1.3--------------

g_mmpbsa目前不支持APBS-1.4,所以请下载1.2或者1.3

tar zxvf apbs-1.3-source.tar.gz

cd apbs-1.3-source/

./configure --prefix=/opt/apbs-1.3

make 

make install

-------compiling-g_mmpbsa--------------

同样下载压缩包，解压后编译

./configure --with-gmx-include=/opt/gromacs-4.5.5/include --with-gmx-lib=/opt/gromacs-4.5.5/lib --with-apbs-lib=/usr/local/lib --with-apbs=/home/user/Downloads/apbs-1.3-source --prefix=/opt/g_mmpbsa

make

make install

需要注意的是apbs的编译, 如果环境变量含有ifort,它会自动选择用intel的ifort来编译，这样g_mmpbsa也应当使用ifort来编译.或者强制apbs采用gfortran等来编译。

如此以来也可以将NAMD的轨迹转换为gromacs的轨迹来计算MMPBSA。

拓扑文件可以使用psf2top.py来执行;

轨迹文件可以用mdconvert或者wordom来转换

Amber的拓扑文件/结构文件可以用acpype来转换