VMD提取DSSP计算的蛋白二级结构逐帧变化做图_Biocheming

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VMD提取DSSP计算的蛋白二级结构逐帧变化做图

(2012-12-18 23:48:01)

标签：

vmd

dssp

作图

杂谈

#上一个博文中介绍用vmd提取dssp计算的二级结构，生成sec4traj.txt数据文件。然后就是需要做图，如同gmx的do_dssp生成的类似的图。

#导入数据

mysecdata <- read.table("sec4traj.txt", header=T, check.names=F, colClasses="character")

#定义为matrix

mysecdata <- as.matrix(mysecdata)

#拷贝一个进行数据处理

mysec <- mysecdata

#现在的情况是mysec的data还是character类型，先转换一下，根据dssp的定义

#H = alpha helix

#B = residue in isolated beta-bridge

#E = extended strand, participates in beta ladder

#G = 3-helix (3/10 helix)

#I = 5 helix (pi helix)

#T = hydrogen bonded turn

#S = bend

#我们的数据里的 X = loop or irregular
#其实到这里为止就可以统计各种二级结构的百分含量了，例如我们要统计alpha helix的含量，就是计算每一行中字母“H”的含量；
perH <- NULL
for(i in 1:nrow(mysec)){perH[i]=length(which(mysec[i,]=="H"))/ncol(mysec)}
myhelix <- data.frame(rownames(mysec), perH)
#对于myhelix就可以做图观察其含量变化了

#还是需要转换为数值型的

mysec[] <- match(mysecdata, c("X", "H", "B", "E", "G", "I", "T", "S"))

mode(mysec) <- "numeric"

mycol <- as.numeric(colnames(mysec))

myrow <- as.numeric(rownames(mysec))

#然后做图

#先定义一个颜色板吧，分别代表X H B E G I T S

mycolor <- c("white", "blueviolet", "black", "yellow", "blue", "cyan", "red", "green",)

image(min(myrow):max(myrow), min(mycol):max(mycol), mysec, col=mycolor)

#这样应该差不多了,同样的做图适应于amber产生的数据

http://s7/mw690/834872aagd1229e726fe6&690

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