Vinardo: A Scoring Function Based on Autodock Vina Improves Scoring, Docking, and Virtual Screening

http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0155183

Autodock Vina的打分是十分接近机器学习的一种形式，几个看似比较怪异无法用物理来解释的项，却表现一直不错，虽然不是在分子打分软件里最准的一个，但绝对是靠前的了。Vina的打分含有两个高斯函数项，一个线性相关的疏水作用项，一个线性相关的氢键项，一个罚分项，最后将代表分子柔性的旋转键数目分布到前面5项中。

这里面没有用LJ势计算范德华力，没有静电相互作用。氢键能量也比Autodock score简单。但是Vinardo觉得这还不够，干脆把vina打分的长程attraction给去掉了，旋转键数目也不要了，就剩下四项，打分方程变得更加简单。