明代以太师、太傅、太保为三公，官阶最高，正一品。以少师、少傅、少保为三孤，官阶从一品;太子太师、太子太傅、太子太保，官阶也是从一品。正二品的有太子少师、太子少傅、太子少保，正三品的有太子宾客。这些都是兼任的官职，是虚衔。真正负责辅导太子的，是詹事府。府里设有正三品詹事一人，正四品少詹事二人，正六品府丞二人。

府以下是两坊(左春坊与右春坊)，一局(司经局)，一厅(主簿厅)。左右春坊各有正五品大学士一人，正五品庶子一人，从五品谕德一人，正六品中允二人，从六品赞善二人，司直郎二人，从八品清纪郎一人，从九品司谏二人。司经局有从五品太子洗马一人，正九品校书二人，从九品正字二人。主簿厅有从七品主簿一人，正九品录事二人，通事舍人二人。

都察院以外，还有太医院与翰林院。太医院有正五品的“院使”一人，正六品的“院判”二人，正八品的御医四人。从九品的“吏目”若干人。其附属机构有“生药库”与“惠民药局”，各设“大使”一人，“副使”一人。

翰林院的长官，是翰林学士，官居正五品。侍读学士二人，侍讲学士二人，都是从五品；侍读二人与侍讲二人都是正六品；传授《诗经》、《礼记》、《书经》、《易经》、《春秋》五经的学官五经博士九人，都是正八品。此外，还有典籍、侍书、待诏，为八品以下。修史的史官为“修撰”，从六品，“编修”是正七品，“检讨”是“从七品”。只有中“状元”后，才有资格充任“修撰”。

明朝的秀才每三年有机会参加一次“乡试”(在本省省会进行)，被录取后成为举人。举人每三年参加一次“会试”(在京师的礼部衙门进行)。被录取后通称“进士”，其后还要再参加一次“殿试”，考中才是真正的进士。进士分为三榜。第一榜称一甲，只取三名，第一名俗称状元，第二名俗称榜眼，第三名俗称探花。第一榜三人的正式功名，是“赐进士及第”，而后状元到翰林院做修撰，榜眼和探花进翰林院做编修。第二榜称二甲，功名是“赐进士出身”。第三榜称三甲，功名是“赐同进士出身”。二甲、三甲的进士，必须再经过一次考选，
被选中的进翰林院做学生，称“翰林院庶吉士”，三年毕业称“散馆”，留院任职或分派到都察院或六科做御史或给事中。未被选送为庶吉士的二甲、三甲之人，只是进士，不称翰林。

朱元璋在洪武十三年（1380）正月废除丞相制度后，由他直接处理六部及其他大小衙门所递上的公文，九个月后，创设“四辅”:春官、夏官、秋官、冬官。以儒生王本、杜佑、龚敩为春官，杜教、赵民望、吴源为夏官，秋官和冬官由春官和夏官兼任。职务是与皇帝坐而论道，辅佐政事，均衡协调。不久，朱元璋又换人，仍然力不从心，这四辅制度便在洪武十五年（1382）七月废除。

朱元璋在洪武十五年（1382）十一月以翰林院检讨吴伯宗为武英殿大学士，翰林学士宋讷为文渊阁大学士，翰林院典籍吴沉为东阁大学士，官阶一律为正五品。吴伯宗是明朝开国以来最早的状元。他于洪武四年（1371）考中，因当时还不曾有状元实授修撰的成例，而且修撰一职是在洪武十四年（1381）才设有。宋讷是前朝元顺帝时的进士，曾被朱元璋任为从八品的国子监助教，于洪武十五年（1382）升为翰林学士，不久，调任文渊阁大学士，官阶相同。吴沉先任翰林院从五品的“待制”(此官职于洪武十四年被取消)，其后降为正七品的编修，再降为从八品的典籍，又升为东阁大学士。除了吴伯宗、宋讷、吴沉三人以外，朱元璋任正二品的礼部尚书邵职，兼任正五品的华盖殿大学士。一年后，又任命鲍恂、余诠和张长年做文华殿大学士。这三个被征召的年高而博学的儒生，不肯作官，到次年，全思诚肯就文华殿大学士之职，一年后，告老回家。

严格地讲，这些洪武十五年、十六年的几位大学士，并未形成内阁。他们没有属员，没有专责，只是皇帝的顾问而已。当时协助朱元璋看公文，签注意见的，是翰林院与詹事府左右春坊的若干官吏。

朱元璋死后，建文帝把各殿各阁的“大学士”，改为“学士”，又增加一个正心殿学士。正心殿的原名是谨身殿。

明成祖即位，将解缙等七个人，任职文渊阁，不称文渊阁大学士，而分别以各人的原职，在文渊阁值班（“入直”）。到明成祖永乐二年（1404）四月，解缙再升为文渊阁学士兼詹事府右春坊大学士，黄淮升为左庶子，胡广升为右庶子，胡俨升为左谕德，杨荣升为右谕德，杨士奇升为左中允。九月间，胡俨调任国子监祭酒，退出文渊阁，没有增补他人。此后，直到永乐末年，文渊阁的人数有减无增。

解缙在永乐五年（1407）十一月被外放为广西布政司做参议，黄淮升为右春坊大学士，胡广升为翰林学士兼左春坊大学士。黄淮在永乐十二年（1414）闰九月下狱。胡广于永乐十四年（1416）四月升为文渊阁大学士，永乐十六年（1418）五月死后，至永乐十八年（1420）闰正月，杨荣、金幼孜二人成为文渊阁大学士仍兼翰林学士。于是，文渊阁同时有两个大学士兼翰林学士，阁内此时只有三人。杨、金而外，另一人是杨士奇。杨士奇在永乐十五年（1417）二月升翰林学士，其后在永乐十九年（1421）正月升左春坊大学士。

明仁宗即位，将黄淮释放出狱，任为通政使兼武英殿大学士，又调整杨荣、金幼孜、杨士奇三人的官职。任杨荣为太常卿兼文渊阁大学士，金幼孜为户部右侍郎兼文渊阁大学士，杨士奇为礼部左侍郎兼华盖殿大学士。次月，改杨荣为谨身殿大学士，加太子少傅衔；改金幼孜为武英殿大学士，加太子少保衔；杨士奇仍为华盖殿大学士，加少保衔。

连同黄淮，四位大学士均有实缺，不再是皇帝的顾问，而是事实上的宰相，行代皇帝批答奏章之权。明朝内阁制度由明仁宗时期才真正形成。

明景帝以后，内阁的诰敕房与制敕房都设有“中书舍人”(秘书)，使六部能严格依令行事，不敢稍有违背。

明朝的诸司，不属于各部院，除尚宝司与五城兵马司以外，还有通政司与行人司。通政司的职务，是转递各衙门与平民写给皇帝的公文。通政司的职官是正三品的通政使，左、右通政是正四品，左右参议是正五品。

“行人司”的主官称司正，为正七品，下面的左右“司副”是从七品，四十个额定的“行人”是正八品。“行人”从洪武二十七年（1394）起，非进士不能充任。行人的职务，是为皇帝到地方颁诏谕，到外国或藩邦作使臣，等等。

外三监，是钦天监、国子监、上林苑监。钦天监掌管“星象”和推算历法。国子监是国家最高的教育机构，设祭酒(校长)一人，司业(教务长)一人，监丞(训导长)一人，博士(教授)五人，助教（副教授）十五人，学正(讲师)十人，学录(助教)七人，典簿(注册组主任)一人，典籍(图书馆主任)一人，典馔(伙食管理员)二人。上林苑监，管理御花园，畜牧场与菜圃，官阶是正五品。

内十二监，是宫内宦官的衙门。把宦官称为“太监”，是错的。只有这内十二监的掌印及其重要助手才是真正的“太监”，官阶为正四品。太监之下有从四品的左右少监。正五品的左右监丞，等等。十二监有①司礼监、②内官监、③御用监、④司设监、⑤御马监、⑥神宫监、⑦尚膳监、⑧尚宝监、⑦印绶监、⑩直殿监、⑾尚衣监、⑿都知监。十二监中，以司礼监最重要。司礼监的长官有掌印太监一人，下设有秉笔太监数人。秉笔太监中有一人负责管理东厂，称“提督太监”，位居其他秉笔太监之上，称次辅。

十二监之外，有惜薪、钟鼓、宝钞、混堂(浴室)等四个司，兵仗、银作、浣衣、巾帽、针工、内织染、酒醋面、司苑等八个局。加起来，统称为“内官二十四衙门”。

宫女也有衙门。设六个局：尚宫局、尚仪局、尚食局、尚寝局、尚功局。每个局分为四个司。