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[转载]QRT-PCR算法

(2013-06-26 10:34:13)
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分类: 学术
原文地址:QRT-PCR算法作者:TRIMSON_RUAN

QRT-PCR 方法

95预变性2min,然后进行以下循环;94℃变性15sec55℃退火15sec68℃延伸30sec,共进行45个循环,最后65-95制备溶解曲线。

选择actinA为内参基因,每个样品做三个重复,用2-△△Ct 法对样本基因进行表达差异相对定量分析。△△Ct=(CT target–CT actinA) 待测样本–(CT target–CT actinA) 校准样本 ,在本研究中我们选择每个基因在接种第一天中的表达为校准样本,第357天为待测样本。例如:

样本名称

Gene1 MeanCt

actinA  MeanCt

Ct

△△Ct

2-△△Ct

1

27.35

16.98

10.37

0

1

2

27.52

16.86

10.66

0.29

0.82

1号样本为校准样本,2号为待测样本,应用△△Ct法进行分析:

第一步,应用参照基因对校准样本和待测样本进行校正:

Ct(校准样本) = Gene1Mean Ct1-参照基因actinA Mean Ct1

          =27.3516.98

          =10.37

Ct(待测样本) = Gene1Mean Ct2-参照基因actinAMean Ct2

          =27.5216.86

          =10.66

第二步,校准样本和待测样本的△Ct 进行归一化:

△△Ct=Ct(待测样本)-△Ct(校准样本) =10.6610.37=0.29

第三步,表达差异计算:

2-△△Ct = 20.29 0.82

因此2号样本的Gene1的表达水平比一号低0.82倍。

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