金融业难以全面纳入增值税抵扣链条，这是国际上金融业不采用一般计税法的特殊原因。在各国的实践中，由于金融服务具有特殊性，一般认为对金融服务按标准税率全面课征增值税并不可行。从总体上看，几乎没有一个国家按照标准的一般计税法对金融服务业征收增值税，绝大多数国家对金融中介服务和间接收费业务给予免税，对直接收费服务按标准税率征税，并允许相应的进项税抵扣。

到目前为止，已开征增值税的国家都没有将银行贷款业务纳入增值税的抵扣链条，主要有以下五方面原因。

第一，难以准确地确定银行贷款服务的增值税税基。金融服务主要包括金融中介服务、直接收费的金融服务和间接收费的金融服务。其中，金融中介服务和间接收费的金融服务构成银行的核心金融服务，包括从事货币结算、股票和债券及其他有价证券交易、存贷款、贴现、投资管理、保险、期货和外汇业务等。此外，直接收费服务包括安全保管和业务咨询等。

对存贷款利差而言，增值税的计税依据应该是银行自身所创造的增加值，但银行的贷款利息收入中，不仅包括银行自身创造的增加值，还包括贷款的资金成本、对违约风险或通货膨胀的补偿等。银行会根据客户的情况对其存贷款业务采用不同的定价方法，收取不同的费用，从而形成不同的增值额。但是，对这些补偿性收入的计算方法不一，难以正确衡量银行每一笔增加值(即增值税)的计税依据。同时，金融服务的提供方式和支付形式丰富多样，客观上也增加了界定和计量金融业增值税计税依据的难度。

第二，如果将存款的利息收入作为银行的进项税额进入抵扣链条，就意味着要对储户的利息收入征收增值税，其效果不如对储户的存款利息收入重新开征个人所得税。

第三，如果将贷款的利息支出作为贷款企业的进项税额进入抵扣链条，势必会鼓励贷款企业向银行多借钱的加杠杆动机。从企业税收的成本构成看，利息支出可以在企业所得税税前进行抵扣。为了防止有些企业滥用这个规定，扩大贷款加杠杆经营，企业所得税法中专门规定了利息支出可以抵扣的条件。与西方主要发达国家相比，我国的企业部门杠杆较高，如果允许贷款的利息支出作为贷款企业的进项税额进入抵扣链条，势必会鼓励企业加杠杆，这与当前去杠杆、稳杠杆的宏观经济政策导向不相符合。

第四，增值税是对最终消费者行为进行征税，但金融业产生的一些利润并不构成消费，而是所得，这是增值税在金融领域内难以完全实践的主要理论依据。

第五，对核心金融业务免征增值税，可以提高本国金融业的国际竞争力，这是国际上许多国家为使本国在国际再分配中处于有利地位而实施的重要举措之一。总体来说，我国税制结构中所得税占比较小，流转税占比较大。相反，我国金融业的税制结构中所得税占比较大，流转税占比却较小。这与发达国家的税制结构相仿，表明我国金融业已具备与国际惯例接轨的有利条件。

值得关注的是，资本及国际金融服务具有较高的流动性，对零售服务课以重税，将使居民把交易移至境外。因此，世界各国对主要金融业务都不采取一般计税法。所以，除了理论和操作上对金融服务的增值额确认存在难度外，与国际惯例接轨，提高一国金融业的国际竞争力，也是国际上许多国家不采用一般计税法的重要理由之一。