除了明城墙外，南京最重要的明朝历史遗存就是明故宫了。南京故宫，又称明故宫、南京明皇宫、南京紫禁城，是北京故宫的蓝本、明朝的皇宫，是中世纪世界上最大的宫殿，被称为“世界第一宫殿”，在今中山东路南北两侧，占地面积超过100万平方米，是全国重点文物保护单位。

      明朝南京有四层城墙：外郭城、都城、皇城、宫城。我们所说的明故宫就包括皇城和宫城。朱棣迁都北京后，南京的紫禁城就不断自然损毁，太平天国时消失殆尽，今天我们只能在遗址上找到这座皇宫的蛛丝马迹。首先是明故宫公园内的遗迹，主要是三大殿的柱础。第二是午门，也就是午朝门公园内的残端城墙。公园内还有若干建筑构件，以及万历年“环境整治”的碑记。第三是东华门，这是宫城的东门，在南京博物院对面。第四是西安门，这是皇城的西门。第五是西华门，这座宫城西门的地面部分已经消失，2001年基座发掘后，进行了保护展示。此外还有当时皇城范围内的外五龙桥、内五龙桥、玄津桥今天尚存，但大多桥栏已毁，桥面还是明代原物。巨大的柱础，精美的雕件，巍峨的城门，引领我们重新认识这座消失的“紫禁城”。