笛卡尔有两部哲学著作，分别是《方法论》和《沉思录》。

在两部著作的开篇，笛卡尔阐述了“怀疑论”。笛卡尔从感官的怀疑开始。他说，我穿着晨衣坐在火炉旁，我能不能怀疑这件事？能，因为我光着身子睡觉的时候，有时也会梦见自己坐在火炉旁。精神病人可能会产生幻觉，坐在火炉旁。但是，有些事是无法怀疑的。“我想把一切都想成是假的，那么那个在想的我，一定是个什么东西；‘我思故我在’这个真理，如此坚不可摧。因此我认为，我会毫无顾忌地将它视作我所探寻的哲学思想的第一法则。”

“我思故我在”表达了思想比物质更确实，而我的思想又比其他人的思想更确实的意思。因此，源于笛卡尔的哲学思想都具有主观主义倾向——将物质视着根据思想中已知的、只能通过推理去认识的东西。

笛卡尔开始重建知识大厦。我的存在已经得到证实，这个结论的根据是“我思故我在”。如果我停止思考，就没有我存在的证据了。我是思考这个动作的主体，是一个实体性的存在，我的全部的本能或本质就在于思考，它的存在不需要空间或质料。即便没有肉体，“我思故我在”依然成立。

笛卡尔使用“思考”这个词时，采用了它非常广泛的含义，包括怀疑、理解、构想、肯定、否定、意欲、想象、感受，甚至包括梦里的感受，也是一种思考的表现形式。

在感受层面，有些东西是显而易见的。比如蜂蜡，尝起来是甜的，闻起来有花香味，有一种特定的颜色、大小、形状、质地偏硬、温度偏凉、敲一敲能发出声响。但是，如果你把它放在火旁，虽然还是蜂蜡，这些性质却全变了，可见呈现给感觉器官的那些性质并不是蜂蜡本身。蜂蜡本身是由延展性、柔韧性和流动性构成的，这些性质是通过大脑思维理解的。我们的感觉器官接触到蜂蜡，据此可以认定我自己的存在，但是不能认定蜂蜡的存在。认知外部事物必须通过大脑思维，而不是感觉器官。

“清晰和确切是真理的标准。”

批判怀疑作为一种哲学方法是非常重要的，但怀疑必须到某处停止，这种方法才能带来正向的结果。如果既要符合逻辑认知，又要符合经验认知，必须有两个止点，分别是明确无疑的事实，以及明确无疑的推理原则。不将外部事物作为目标，而把思想视作原始的经验实体。笛卡尔的这一决断非常重要，对后来所有的哲学思想产生了重大影响。

另外，笛卡尔在《方法论》中还阐述了研究问题的四步骤（非本书内容）：

第一，永远不接受任何我自己不清楚的真理，只能根据自己的判断，接受非常清楚和确定没有任何值得怀疑的真理。

第二，把可以研究的复杂问题，分解成若干个比较简单的小问题，一个一个地分开解决。

第三，将小问题从简单到复杂排列，先从容易的问题着手。

第四，将所有问题解决后，再综合起来检验，是否已将问题彻底解决。

《西方哲学史》的作者伯特兰·罗索在本章的后面写道：“从柏拉图开始，出于信仰原因经基督教哲学得到发展的心物二元论，到笛卡尔这里总算完全成形，或者说基本成形。”最后作者说：“笛卡尔在两种思想间摇摆不定，一方面是从现代科学中习得的思想，另一方面是他从拉弗莱什那里学得的经院思想。这使他陷入矛盾之中，但是也使他收获了比其他纯粹地尊崇逻辑的哲学家更丰硕的思想成果。”