目前的婴儿先天性心脏病的手术治疗分为闭合式手术及体外循环下心脏直视手术两大类。

闭合式手术包括动脉导管未闭结扎术、主动脉缩窄成形术等。在胸外侧切口术中，患者心脏、肺仍执行各自的功能。

体外循环下心脏直视手术又称心脏开放手术，为最常采用的手术方法，胸正中切口，劈开胸骨，术中使用体外循环机代替心、肺功能，将心脏停止跳动，修补后再复跳，恢复心、肺功能。如室间隔缺损修补术、房间隔缺损修补术、法洛氏四联症根治术等等，目前尚有在体外循环机辅助下，保持心脏仍跳动下进行手术，如房间隔缺损修补术等，更有利于减少术中再灌注损伤，手术后心肌创伤恢复较好。

除了心内缺损修补、瓣膜成形等常规心脏手术外，对于复杂先天性心脏病尚有各种特殊的术式，往往以发明者的名字命名。如Rastelli手术，Fontan手术等等，以解决右室双出口、单心室、三尖瓣闭锁等复杂先天畸形的矫治。

现在绝大多数的先心病都可通过外科手术获得满意的疗效，手术成功率也很高，一个患先天性心脏病的孩子，如果能及时得到有效的治疗，完全有可能和其他健康的孩子一样学习工作，成家立业。