咖啡跟其他所有的植物一样会有不同的种，咖啡目前至少有66个品种，最重要的两个咖啡品种一是阿拉比卡（Arabica）种，在全世界咖啡的市场占有率约为65%；另外一个则是罗布斯塔（Robusta）种，全世界咖啡的市场占有率约35%。阿拉比卡种咖啡产量低，需要许多的照顾，对于生长环境的要求也比较严苛；而罗布斯塔种则是适应力强，产量大、抗虫害，但是有一个要命的缺点——品质差，罗布斯塔风味贫乏，喝起来有橡胶味，而且咖啡因含量较高，所以通常都是作为拿来制造速溶咖啡或是混入咖啡配方之中，风味不佳使其无法在精品咖啡中占一席之地。而精品咖啡界则是将焦点放在阿拉比卡咖啡上，事实上光从植物本身的观点来看，阿拉比卡咖啡就已经很特殊了，因为阿拉比卡咖啡有44条染色体，但是其他的咖啡却只有22条，所以阿拉比卡咖啡无法跟其他种的咖啡混种，而这么大的基因差异应该也是阿拉比卡优秀的主要原因吧。