在具有现代文明的人类世界中，宗教一词已经渐渐被信仰或科学一词所取代。但在世界近代史阶段，宗教差异却常常会引发战争。宗教的最大特点可能是它的神秘性，而神秘性正是引起误解冲突的源点。

就神秘性而言，中国藏传佛教中的喇嘛接班人制度，或说活佛转世制度，便具有这种特性。和活佛转世制度可以作类比的，便是封建皇朝中国直至晚清的帝王一姓传位制度，它是以“天命”观、或说“皇权神授”这种神秘观作为理论基础的。

西方的“上帝”基督教（同样具有神秘性）在明朝末年进入中国之初，并没有引发中西“宗教”冲突，因为它是带着一系列科技物质产品而来的（如能引起人类好奇性的天文地理设备、钟表、机械玩意等工业产品）。假如宗教存在地区差异，那么物质只具人类共性。只有当物质推动精神并发生变化时，才会引发宗教冲突。明朝末年发生的“南京教案”，便是这种逐渐变化的结果。

中国进入清朝以后，清政府曾与西方基督教度过了一段蜜月期。西方传教士进入京城皇宫为洋官（延续了有清一朝。上溯元朝已有，后来晚清也有），帮助清初几代皇帝设计建造皇家御园，便是这段蜜月期的业绩。但这只是前明朝的重复罢了。最终引发冲突的，只能是代表各自宗教最高地位的权力。代表西方最高权力的罗马教皇与大清朝（天朝上国）皇帝，为维护各自权势范围利益的口水笔墨战，终久引发了严重隔阂的所谓有关“礼仪”（大清天朝等级制）的宗教冲突。——皇朝中国一直试图把儒学拓展成为儒教，但因儒学仅存在于少部分读书人中而无法包融“士农工商”“四民”社会，中国最终只成为了世人共识的所谓“信则有不信则无”的多教或无教国家。就晚清中国近代的中西宗教冲突（史称“民教冲突”），其本质仍只能是异教之间权利者的利益冲突。

总体上说，自从世界普遍地相继进入近代以后，科学（社会科学、技术科学）这个有本之木，使物质文明发生了突飞猛进的发展——从18世纪初发明第一台蒸汽机，到发展航天事业，仅用了短短300年时间（之前从农耕文明进入工业文明则花去了约三千年时间），也使人类社会摆脱了原始繁重的体力手工劳动；而中国历史长久以来一直有真儒、伪儒之争的无本之木，仍然只使得20世纪初的中国在现代文明的大门口徘徊循环。