乾隆朝平定中国西北地区准噶尔叛乱以后，实行军屯，设立将军府，置柏克治辖地方，“惟不得世袭”（实际仍是世袭）。由于有清一朝为满蒙联盟，地方民族性质的柏克地位远不如蒙古贵族。1864年，库车黄和卓（回族人）起事，反被新疆北路的妥明坐大（以迪化即乌鲁木齐为中心）。满清官军来镇压也遭失败。妥明自号清真主。在新疆南路，边境外浩罕汗国国王乘乱派遣阿古柏（有史述称其本人也是中国境内战乱的流亡者）随张格尔（道光朝叛乱处死者）之子布什尔克前往。1865年，阿古柏以张格尔后裔之名沿途招兵，响应者颇众，并挥师攻克喀什噶尔。1868年，阿古柏废布什尔克，自称回疆王。1870年，北路妥明前来攻击遭致失败。阿古柏控有了天山南北。

同期俄国大肆南掠，吞并浩罕汗国，并威胁阿古柏政权。1871年末，俄军侵占伊犁。1872年6月，阿古柏被迫与俄属塔什干总督订立通商条约，俄国也承认阿古柏为东土耳其斯坦首领（占有浩罕国的战争还未结束）。

阿古柏明与俄国订约，暗中却设法阻扰，同时展开多方外交。阿古柏于1873年派遣使者去土耳其，并接受封号；1874年2月，阿古柏又与英属印度总督订约，允英国通商，并接受英国军火援助，操练军队。英国承认阿古柏政权，并称其为“爱密尔”。

19世纪70年代的西北地区，实际处于半独立、不知前途在何方的境地。英国打算把它置于像印度一样的殖民地，而有地理之便的沙俄更欲把它像浩罕国一样占为己有。阿古柏这种多方外交策略实际是一种与虎谋皮（无奈的）的险着，反而加快了英、俄敌对双方竞争谋略侵占的速度。阿古柏对外行为，有点像是清末政府对外策略的一个缩影；而此一时期的西北少数民族地区，又恰像19世纪末清朝面临的列强瓜分时期。

近代以来，有不少中外史学者说，当时西方列国谁也不会认为大清朝可以收复新疆：它远离中原，有广袤的荒漠阻隔，不适合长途运兵和后勤保障。从这点来说，1877年挥师收复新疆、并誓言抬棺与俄国抗争伊犁的左宗棠，确可认为是清末中国第一功臣而不为过（注：浙商胡雪岩为左的军事后勤作出了贡献，但他个人获利性质——向外国银行借款始于此时，最终被此一时彼一时的清廷认为“非法”而置于死地）。