当我们把西方以还原论思维方式为主的近代科学看成是真正的科学时，中国传统文化这也不对那也不对尽是糟粕。但是，当我们把系统论、自组织理论看成是科学理论时，中国传统文化的深刻性便彰显了出来。中国传统文化对生命、形神关系的论述无不体现了中国传统文化自组织思维的特点。

人体生命包含形体与精神两个基本要素。如果我们运用系统自组织的思维方式进行分析，形体与精神就是低层次系统与高层次系统之间的关系。但是，如果我们采用还原论的思维方式，形体与精神就是实体与属性关系。我们是接受形体与精神是低层次系统与高层次系统之间的关系，还是接受形体与精神是实体与属性的关系呢？大家知道，内外因、普遍联系、系统论和自组织理论是辩证法的基本原则，在这些原则中根本不包括还原论原则。也就是说，还原论不是建构哲学理论需要遵守的基本原则，不能用还原论的观点推导哲学结论。但是，不少研究哲学的人却把还原论的思维方式当作凌驾于辩证法诸原则之上的东西，随意用还原论的观点否定辩证法的系统论的观点。比如，对心脑关系的认识，很多人仍习惯把它们看成是属性与实体的关系，而不是看成高层次系统与低层次系统之间的关系。如果我们在建构哲学理论的过程中严格遵守辩证法原则，把形神看成是低层次系统与高层次系统之间的关系，那么形体与精神作为系统就都是自组织的的。