尽管人们认识到辩证法包括内外因、普遍联系、系统论和自组织理论等不同层次，自组织理论是对内外因、普遍联系和系统论等原则的的继续和深化。但是，目前国内精神（意识、思维和心理）自组织研究中仍然存在不少违反辩证法逻辑的现象。

一是没有认真贯彻辩证法的系统原则。不少研究者仍习惯把心脑关系看成是实体与属性的关系，拒绝运用系统方法看待作为哲学基本问题的心脑关系。有些人即使承认精神是系统性存在，也只是在逻辑上先把精神理看成是实体脑的属性，然后再把精神看成是实体脑的属性系统。这种观点认为精神的属性特征比系统特征更基础，不承认作为辩证法原则的系统方法更为根本，进而否认心脑是高层次系统与低层次系统之间的关系。

二是没有突破实践范式的束缚。自组织是系统内部各要素主动竞争与协同的过程，如果系统没有内部结构或内部联系，系统如何能够主动自己组织自己、自己优化自己？因此，如果承认精神是自组织的，那么就应承认精神具有内部结构或内部联系。辩证法告诉我们，内部结构或内部联系就是事物的内因。因此，精神的内部结构或内部联系就是精神的内因。既然精神具有自己的内因，实践如何能够成为精神运动的根本推动力量？

我们认为不论精神属性说还是实践动力说都不是比辩证法诸原则更为基础更为根本的东西，辩证法的诸原则（内外因、普遍联系、系统论和自组织理论）相比精神属性说和实践动力说则更为根本更为基础。但是，在研究哲学的过程不少人没有认识到辩证法原则才是人们建构哲学理论必须遵守的公理或原理，精神属性说、实践动力说不能超越辩证法原则成为建构哲学理论的基本原理。按照辩证法原则，根本无法推导得出精神是实体脑的属性、实践是精神运动根本动力的观点。