随1598年法国南特敕令的颁布，1604年英西和约的签订，1609年西班牙与荷兰的停战协定的达成，宗教战争的火焰逐渐在欧洲熄灭。但是到了1618年，宗教战争再次在德意志地区爆发，这次战争不仅起源于宗教分歧，更重要的是对统治权的世俗纷争。

    新教运动首先发源于德意志，由于天主教西班牙帝国的干预，签订了奥格斯堡宗教和约，因此在德意志，呈现天主教与新教对峙的格局。但是加尔文教逐渐在德意志地区传播，新教徒决定采用惯常手段在波希米亚（波希米亚在现今的捷克共和国内）举行起义，以反对天主教，由于担心宗教格局的平衡被打破，德意志的天主教势力开始无情的反击，战争扩展到整个德意志地区，由此拉开了三十年战争的序幕。

    此时的德意志处于神圣罗马帝国的统治之下，帝国的皇位由哈布斯堡家族继承，皇帝费迪南二世同时也是奥地利和匈牙利的统治者 。而西班牙帝国也同样被哈布斯堡家族统治，实际上西班牙帝国和神圣罗马帝国的统治者属于姻亲关系，因而在后来的战争中，西班牙与圣神罗马帝国总是并肩作战。

    就在德意志的新教运动被费迪南二世率领的天主教势力快要肃清的时候，人们发现了费迪南的另一个目的，他是想在德意志培植自己的奥匈帝国的力量，原来反击新教并不是他出兵德意志的最终目的，而不过是个借口。

   以前介绍过，北欧国家都信奉路德的新教，因此瑞典国王进军德意志，企图挽救几乎失败的新教，他受到了部分信奉天主教的德意志王公的支持，与此同时，信奉天主教的法国也秘密支持瑞典，因为法国处在西班牙和奥匈两个哈布斯堡家族的包围之中。为了实现自身的扩张，宗教信仰暂时被撇到一边，1639年，法国干脆直接参战。

   战争从1618年持续到1648年，法国和瑞典为一方，西班牙和奥匈为另一方。德意志成为主要战场。

    威斯特伐利亚和约被签订，法国再次成为欧洲的主要角色，东部边界推进到德意志地区境内，奥匈的哈布斯堡家族被迫交出所有的德意志地区。西班牙则被战争拖垮，葡萄牙于1580年被西班牙吞并，这时借机起义，从此永远获得独立。德意志再次陷入四分五裂的格局。