情绪聚焦疗法作用于情绪本身，当事人会被要求不理会思想的升起，放任感情自行的运作和加工，直到身体感觉和情绪冲动消融，或者使模糊的感觉变得清晰，可以表达，——这里重要的是指导其促进和保持感情的被激活，觉察到以前没有注意到和被阻止的。
　　 情绪指导的目标在于通过帮助人们对自己的情绪体验更加觉察、接纳、对情绪意义的理解，来加强情绪聚焦能力。如果此指导过程存在于个案与治疗师之间，安全、共情、有效的关系本身会促进情绪体验的接纳。一个接纳、共情的关系会引导个案更安全、更深广地打开心灵，这种崭新的人际体验对情绪有抚慰和支持作用，个案会因此变得整合。
　　 为了跟随个案的感受，治疗师需不时地教导个案加工体验信息的方法（比较模糊，不断尝试），需要注意的是，教导个案，并非引导他关注事情的内容，也非解释体验的含义，而是引导他投身其中，帮助他感觉那感觉，确定情绪的描述词汇，并接纳这些情绪。治疗师可教导个案抚慰和分辨情绪的方法。
　　 绪指导在疗法中基于两个方向：到达和离开。假设是一个人无法离开一个地方，除非他已到达了那里。
　　 那么要如何才能到达？要让个案学会觉察和接纳。
　　 首先，帮助个案觉察其情绪。值得再强调的是，情绪觉察不是思考情绪，要有意识地不阻止情绪。人类有强烈的抑制痛苦情绪的倾向，正常的加工过程经常扭曲、扰乱情绪并阻止情绪，将正常的适应性的不愉快的情绪变成功能失调。为了消除对情绪的抑制，要帮助个案注意并接近他们的情绪，通过消除抑制，认知上可以得到改变。不过，只是接近、升起、忍受情绪体验还不够，要使情绪加工的效果达到最佳，还必须对情绪和认知进行整合，一旦情绪体验到达，个案需要发挥认知的力量对体验进行信息探索、思考，发现其意义。
　　 其次，告诉个案要允许那情绪的来临——这并非指他们必须向另外一个人表达他的感觉，而是承认和接纳这些感觉。
　　 接下来，让他们用语言描述他们的情感。语言表达情绪可以使个案提高自我适应的功能，并相应产生行动倾向，可以帮助他们理解和吸收发生的经历。可以使以前情绪记忆中未被表达的经验意识化。情绪表达有利于促进身体健康，据研究，情绪表达的多少可以预测乳癌的恢复情况。
　　 另外，要觉察所体验的情绪是否某情境中的原生情绪，如果不是，要帮助个案找出原生情绪。情绪可区分为原生情绪和次生情绪，原生情绪是一个人最基本的、直接的、最初的对一个情境的反映，比如对丧失的哀伤。次生情绪是这些对更基本的内在加工衍生出来的，可能是对原生情绪的防御，比如当生气的时候感觉到无望。次生情绪需要被探索，以知道其更原始的根源。原生情绪更能够提供导向问题定位和解决的适应性信息。这么说，如果可以评估出隐藏在无力感之下的面对不公正的健康的愤怒，就提升了个案的适应性；而评估出隐藏在狂怒之下的、对丧失尊重的羞耻感，能够提升其被损害的感觉。
　　 原生情绪有的是适应性的，是有用的，可以为问题解决提供指向，有的则是不适应性的，不具适应性的感觉不因环境改变和被表达而变化，也不为解决问题提供有意义的指向，只是给人们留被困住、无望、无助甚至绝望的感觉。
　　 那些重复出现的、熟悉的感觉，如孤单、悲伤、被抛弃、糟糕的无价值感，或者反复出现不胜任的羞耻感，让一个人的生活非常烦恼。治疗师可以和个案一起找出原生情绪中有益的、适应性的信息，以及导向行动的可能性。不适应性的情绪则需要被改变。次生不适应性情绪需要被探索，找到更原始的认知和情绪，而使次生情绪减少。