[转载]从DNA衍射图谱中看出DNA结构

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分类: 遗传,进化 |
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A型DNA(左)和B型DNA(右)X射线衍射图
20世纪人类最伟大的成果,莫过于遗传学中DNA双螺旋结构的发现。当1962年沃森、克里克和威尔金斯获得诺贝尔生理学或医学奖的时候,富兰克林已经在4年前因为卵巢癌而去世。而在此过程中,我们却在刻意忽略一个一位伟大的女科学家:罗莎琳德·富兰克林(Rosalind Elsie Franklin)。
研究DNA的结构时,第一个实验室是伦敦国王学院的威尔金斯实验室,他们用X射线衍射法研究DNA的晶体结构。当X射线照射到生物大分子的晶体时,晶格中的原子或分子会使射线发生偏转,根据得到的衍射图像,可以推测分子大致的结构和形状。
一、富兰克林的贡献
富兰克林1921年生于伦敦,15岁就立志要当科学家,但父亲并不支持她这样做。她早年毕业于剑桥大学,专业是物理化学。1945年,当获得博士学位之后,她前往法国学习X射线衍射技术。她深受法国同事的喜爱,有人评价她“从来没有见到法语讲得这么好的外国人”。1951年,她回到英国,在剑桥大学国王学院取得了一个职位。
在那时候,人们已经知道了脱氧核糖核酸(DNA)可能是遗传物质,但是对于DNA的结构,以及它如何在生命活动中发挥作用的机制还不甚了解。
就在这时,富兰克林加入了研究DNA结构的行列——然而当时的环境相当不友善。她开始负责实验室的DNA项目时,有好几个月没有干活。同事威尔金斯不喜欢她进入自己的研究领域,但他在研究上却又离不开她。他把她看做搞技术的副手,她却认为自己与他地位同等,两人的私交恶劣到几乎不讲话。在那时的剑桥,对女科学家的歧视处处存在,女性甚至不被准许在高级休息室里用午餐。
富兰克林在法国学习的X射线衍射技术在研究中派上了用场。X射线是波长非常短的电磁波。医生通常用它来透视人体,而物理学家用它来分析晶体的结构。当X射线穿过晶体之后,会形成衍射图样——一种特定的明暗交替的图形。不同的晶体产生不同的衍射图样,仔细分析这种图形人们就能知道组成晶体的原子是如何排列的。富兰克林精于此道,她成功地拍摄了DNA晶体的X射线衍射照片。
此时,沃森和克里克也在剑桥大学进行DNA结构的研究,威尔金斯在富兰克林不知情的情况下给他们看了那张照片。根据照片,他们很快就领悟到了DNA的结构——现在已经成为了一个众所周知的事实——两条以磷酸为骨架的链相互缠绕形成了双螺旋结构,氢键把它们连结在一起。他们在1953年5月25日出版的英国《自然》杂志上报告了这一发现。这是生物学的一座里程碑,分子生物学时代的开端。
二、X射线衍射工作原理
衍射又称为绕射,光线照射到物体边沿后通过散射继续在空间发射的现象。如果采用单色平行光,则衍射后将产生干涉结果。相干波在空间某处相遇后,因位相不同,相互之间产生干涉作用,引起相互加强或减弱的物理现象。
衍射的结果是产生明暗相间的衍射花纹,代表着衍射方向(角度)和强度。根据衍射花纹可以反过来推测光源和光珊的情况。为了使光能产生明显的偏向,必须使“光栅间隔”具有与光的波长相同的数量级。用于可见光谱的光栅每毫米要刻有约500到500条线 。
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1913年,劳厄想到,如果晶体中的原子排列是有规则的,那么晶体可以当作是X射线的三维衍射光栅。X射线波长的数量级是10-8cm,这与固体中的原子间距大致相同。果然试验取得了成功,这就是最早的X射线衍射。
在X射线一定的情况下,根据衍射的花样可以分析晶体的性质。但为此必须事先建立X射线衍射的方向和强度与晶体结构之间的对应关系。
生物大分子中的螺旋分子,如遗传物质DNA等大多难以结晶(寡聚核苷酸例外),但能聚集成为纤维。平行排列这些纤维也能使X射线发生衍射。这些螺旋分子的外形相似于弹簧,有可测量的螺距和半径。每圈螺旋包含数目相同的单元。因此它们的长轴方向具有周期结构的性质。它们的衍射花样呈X形,且在水平方向衍射点按层线排列。由X形的斜度及层线的间距可以计算螺距和半径。由中心至垂直最远衍射弧的距离可以计算单元间沿螺轴方向的距离。由于这些大分子的径向侧链处于无序状态,它们对X射线仅产生背景散射。因此纤维衍射技术无法测定大分子中原子的空间位置。但是如果结合考虑这些大分子的化学组份及立体化学等性质,也可由衍射花样推断该分子的结构模型。
衍射线方向可以确定晶胞的大小和形状;衍射线强度可以确定晶胞中的原子排列。
将DNA纯化后,结晶。生成晶体后,使用同步辐射X射线投射到DNA晶体上,X射线将产生衍射,衍射符合布拉格公式[布拉格公式为:2dsinθ=nλ,其中d为晶面间距,θ为衍射半角(即发生衍射峰对应的θ角度)]。我们不能从衍射图谱中“看出”,而是根据这个图谱加之布拉格公式计算DNA的结构。用X射线照射DNA分子,观察射线在照相底片上产生的点子(衍射花样),计算点子的分散角度等(每一点子的分散角度代表DNA分子的一个原子的位置或若干原子团的位置)推测分子排列。
三、DNA衍射图谱分析
解读DNA晶体X射线衍射图谱,要用到很复杂的数学计算。照片中心X射线反射(使X射线底片变黑)的图象是交叉的,说明它是螺旋形的,顶部和底部最浓黑的部分,说明嘌呤碱和嘧啶碱垂直于螺旋轴,每隔3.4埃规律出现一对。
对A型DNA、B型DNA拍了好多张X射线衍射图谱,丝状(链形态的),可以得到34埃的数据。
对B型DNA的X射线衍射图更详细的分析如下:
从这幅图可以得出:(1)DNA结构是双螺旋形(double helix);(2)DNA分子半径是约10埃;(3)碱基对的间距是3.4埃;(4)每个完整的螺旋高度是34埃。
富兰克林还发现在翻转180度之后看起来还是一样,沃森与克里克在得到这一信息后,意识到两条链是反向的。
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DNA规则的双螺旋结构
1953年2月24日富兰克林经过计算分析得出双股螺旋的结论,而沃森与克里克则是尝试以双螺旋模型与这些数据信息吻合。当时自然杂志同时发表了三篇论文,另二篇是威尔金斯的和富兰克林与蓝道夫的。