明洪武十九（一三八六年）为防海上倭寇入侵，信国公汤和大将军督筑奉城城墙，将原是乡间小庵的万佛阁就地重建于北门月城湾内。因此，当地有“先有万佛阁，后有奉城镇”之说。明代的万佛阁，气度不凡，环垣踞堞，面山枕流，胜境之妙，冠于诸刹。后历经乾隆二十二年及民国六年的二次修缮，佛阁更增添了大殿三楹，东西禅室各二楹，后有地藏殿，前有弥勒殿，金碧辉煌，蔚为壮观。

如今的万佛阁是一九八九年重建，由万佛楼、钟楼与鼓楼组成，阁内装置电梯，形成殿中有殿的格局，庄严气派，佛韵悠长。万佛阁的建筑很有特色，依城傍水，由低渐高，尤为特别是后法堂楼阁建在古城墙上，别具一格。大殿的钳状套式梁木结构镶接缜密，浑然一体，堪称古建筑的一绝，被定为奉贤区区级文物保护单位。

天王殿北侧匾额上的"三洲感应"是关于韦陀菩萨的故事。