北平国医学院在教学上除了注重课堂学习，更加重视实践经验的积累，每个学生毕业后都有一至两年的实习期，学生们都要跟老师一起出诊，随侍一旁抄方，甚至深入到药房亲自抓药。

孔伯华最重视对于学生的医德培养。在他看来，学习首先要会做人，他常说：不能够成为一个合格的人，就不会成为一名合格的医生。学会了做人，即使学医不成，也能顶天立地立足于社会，或自知深浅，不致害人。反之，即便医术高明，却只求一己之私，于人于国，也只是祸害而已。

为此，他要求学生们首先要背熟孙思邈《千金方》中的“大医精诚论”，希望学生们能够谨记行医仁爱为本的原则。

当时孔伯华已经是名闻四方的名医，想要拜他为师的人不计其数。不少人通过人情、关系，甚至送礼物等方式想走捷径，都被孔伯华拒绝了，相反到是主动收了很多穷苦学生或品学兼优的学生，如中国中医科学院的步玉如教授、王有为教授、北京中医药大学的马龙伯教授、屠金城教授、北京儿童医院的裴学义教授、天津长征医院的王季儒教授、北京中医医院的王鸿士教授、宋祚民教授等均是孔伯华严格挑选的学生。孔伯华收徒的标准也十分严格，首先要看的，就是学生的品德如何，其次看学生的学习成绩、天分如何。

在治学上，孔伯华强调：医之为道，非精不能明其理，非博不能得其奥。因此时常教导学生不但要打下良好的国学基础，要广学博收，融会贯通，更要懂得将书本上的知识灵活应用到实际之中。

为了培养学生的兴趣，同时也为了测试他们的水平，有时逢下雨天，上门的病人少了，他就把学生们召集到一起，就个别案例，展开讨论。一次，孔伯华对学生们说：我今天出个上联，你们对下联，于是他从《论语》中集出一个上联，“勿意勿必勿固勿我”，叫学生们应对，许久也未有学生应对，最后还是自己念出了下联：“有智有勇有德有仁”。这既是孔伯华对自己的总结，也是对学生们殷切期望。