战国时期的日本，因为大名之间的相互争斗，除了大规模的军事作战以外，还衍生了另一种职业群落。就是忍者。这些人并不担负正面战场作战任务，更像是今天的特种作战渗透小组行动。以秘策、破坏、暗杀、收集敌方前线情报、搅乱敌方后援基地等种种谍报活动为主要目的。这些人从小就接受异乎于常人的训练，在武术技击、易容化妆，各种环境下的行走跳跃等技能上。这些所有的技能就叫做忍术。很多人达到了出神入化的地步，以至于到今天为止，这个职业的人已经成为黑暗刺客的全球文化符号。

在忍者的世界里，除了要学会这些基本技能外，更格外恪守着四项基本原则：不准滥用忍术（只能用在公事上）、舍弃一切自尊（逃命要紧）、必须守口如瓶（即便为此失去性命）、绝对不能泄露身份（这条最为根本）。忍者在世时必须隐姓埋名，与黑暗为伍，也不能留下只言片语，以免日后东窗事发。因此，关于忍者的历史记录寥寥无几，目前只发现忍术秘本中记录了圣德太子（574年~622年）身边的一位忍者。因此，忍者真正的源头出处已经是无从考证。但根据忍术的权威著作《万川集海》中认为，忍术的起源和古代中国有着莫大的关系。书中认为，忍术思想的根源来自中国殷周之际的姜太公吕望。是他首先提出了忍术概念，并写在了传世名著《六韬》之中。后来，孙武、张良、韩信等相继对忍术理论进行了完善。特别是孙武的《孙子兵法》倍受忍者阶级推崇。此时忍术也基本形成了由权谋、形成、阴阳，技巧等几部分构成的雏形。随着忍术传到日本，忍者也就在日本出现并发展起来。日本人还认为忍术的理论基础是由中国传来日本的孙子兵法演化而来的，之后再加上修练道和山中的伏击战技巧发展而成的，就是所谓的"风、林、火、山"四字真言。而孙子兵法和中国古代另一位伟大的军事家吴起的军事思想，深刻的影响着日本军事谋略，以及谍战情报工作整个历史过程，至今仍是。

而忍者这一称谓也不是一开始就有的。在古代日本，各个时代各个地区对忍者也有其特有的称谓：如飞鸟时代称为“支能便（shinobi）”；奈良时代称为“斥候”；战国时代叫法更多，叄者、间见、见方，目付等。其中流传最广是“乱波”，由武田信玄命名。而将这个职业以忍者名称定型下来，便是德川家康重开幕府即德川幕府的江户时代中。

忍者诞生于战乱时代，尤以战国时期最为鼎盛。各种派别纷呈踏来，日本人将门派称之为流，在日本历史舞台上或浓或淡的留下了些许笔墨。总的来说，在那个时期，忍者的组织是松散型的，没有一个完整的指挥体系和组织架构。更多时候像是各个诸侯大名的雇佣军，家仆之类。为雇主或是家主不惜卖命。甚至在忍者各个门派之间，也经常相互攻击。其中，以伊贺流和甲贺流最为著名。伊贺（三重县西北部）、甲贺（滋贺县南部）两地。两者祖出同缘，多有亲戚关系。但若彼此的雇主（主君）处于敌对关系，他们便不得不同室操戈，甚至兄弟阋墙。也能因为共同的目标而相互合作，最著名的便是伊贺忍者服部保护德川家康前往三河，途径甲贺忍者控制地区，双方通力合作，才使得德川家康完好无损。历史上记录为“神君伊势穿越”。

忍者在日本军事文化中占有很大的比重，在今天的日本三重县上野市的上野公园内，还有着一个全世界独一无二的伊贺忍者博物馆，里面诉说着无数传奇故事，陈列着代表忍者文化的实物。虽然如此，但很多著名忍者其真实人物虽有战功累累，却因为是黑暗行者，或潦倒一生，或死于非命。以忍神闻名于世的服部家族就是这样一个例子。在二代服部正成时期，其家族声望和忍者名誉达到了鼎峰，其人“鬼半藏”的名号至今仍是忍者神秘文化中所崇拜的偶像图腾。然，最终也只是远江八千石领地。而其二子下场却是更为凄凉，长子先是因为部将不服叛乱，被贬为平民，后又在大阪夏季战役中阵亡。次子更是因为妻子娘家涉嫌叛乱而株连，流放到异乡，最后穷困潦倒而亡。这和近现代的情报人员的下场很多都有类似之处。其卓著功勋，不为世人所知；其人生一世，惶惶终日；其最后归宿，大都只是无名黄土一杯。甚至背着身后恶名骂名，和不能洗去的冤屈。对于服部半藏家族，要值得提出的是，其祖先是古代日本伊贺国的豪族秦氏。更早是来自于古代中国吴国的秦族迁徙一族。至今我们所看见的日本民族服装和服，在日本传统称呼中，就称之为吴服。词源便是出自这个来自于古代中国吴国中的秦氏一族。

1603年，德川家康开创了德川幕府时代，将执政中枢迁到了江户，就是今天的东京。日本历史上的一个著名和平时期，江户时代至此拉开了序幕。但德川家康依旧疑虑重重，从战场上取得的天下，让他深知，那些虽然目前已经臣服的诸侯大名们，其内心是不是还在蠢蠢欲动？是不是卧薪尝胆，等待着东山再起。任何一个刚刚取得了江山的执政者，都有着一种内心潜意识中的危机感，他们既希望江山永固为己所有，又害怕他人做大，要防患于未然。那怎么做呢？德川家康首先想到的便是打造自己的间谍网和特殊行动组织。忍者再次纳入了他的视线。一个据说有着300余名高手的情报和暗杀组织就此诞生了。德川家康不仅使这些松散的奇能异士网络了起来，更加完善了其功能性和指挥体系。他们开始有了到今天一直沿用的正式名称：忍者。而根据流派、功能及目标的不同设置了各个组，如甲贺组、伊贺组，火枪百人组等。在指挥体系中，还分成了上忍，又称智囊忍。担负着情报采集，分析和行动策划，类似于今天的情报间谍和情报分析中心职能。中忍，担负着指挥行动的职能，相当于今天前敌行动指挥中心职能。下忍，便是直接采取行动的人员。这些忍者不再是家仆或是江湖浪子，有了自己正式的工作单位和编制，便开始四处出击，为德川幕府的稳固而效命。据说，他们的总部区域设在江户八丁堀。至今日本文化中，尤以罪案推理小说，“八丁堀的侦探遗风”一直是种文化符号。忍者的技能和行事作风，也让我们不得不想起了，中国明朝的厂卫、清朝的血滴子等。黑暗、血腥、残酷，低调成为了这种职业的代名词。同样，这种神秘感被后人所传奇，并且不断杜撰、发酵，成为超然于世人的神奇群落。而各类情报间谍组织也正是此种符号下的政治工具。

随着时间的推移，天下的日益稳定，忍者作为一个政府特殊工作机构和人员，因其功能性过于针对，逐渐开始走下坡路。历史对于官方忍者活动的最后一次记载便是1637年的“岛原之乱”。而后，这个职业又逐步重归民间，淡化出了政治历史舞台。但其神秘性和传奇性，其严密的组织架构，和人员技能成为了迄今为止全球神秘文化中的重要组成部分。在2012年日美联合军演中，日本自卫队甚至还表演了伊贺流忍术。

忍者，作为国家情报间谍组织，德川家康是其始作俑者、完善者、使用者，发扬光大者。而忍者在短短几十年的正式拥有官方身份的历史中，也对德川幕府最初的统治起到了不可或缺的作用。

德川家康对间谍的使用，还表现在另一个天才方面。那就是他启用了外籍情报人员，英国人威廉.亚当斯，日本名三浦按针。