对比分析作为一种语言研究的方法，60年代初期和中期在美国和欧洲的一些国家十分流行，许多大学纷纷成立了语言对比研究中心，使语言对比的范围和规模都得到了扩大。对比分析研究的成果揭示出了许多特殊的语言现象，丰富了普通语言学理论；同时也为翻译领域的研究和双语词典的编纂积累了极为丰富的语言素材和参考资料。在外语教学方面，对比分析理论大大地促进了语音系统的教学和外语教材的编写工作。

从60年代后期开始，由于认知心理学和转换生成语言学的出现，对比分析的心理学和语言学基础都受到了挑战，人们开始从语言间的对比研究逐渐转向外语学习过程的研究。这种研究方向的转移使得对比分析理论中的一些弱点和不足暴露了出来。综合批评者们的观点，对比分析理论存在的弱点和不足主要有以下三个方面：

1）对比分析理论认为，只要找出目的语与母语之间的差异，人们就可以预测学习者在目的语学习过程中可能会出现的错误。然而，大量的实验和实地观察的结果却表明，对比分析所预测的许多学习错误并没有发生，而没有预测到的一些学习错误却发生了。也就是说，对比分析理论对学习者错误的预测能力是十分有限的。

2）对比分析的主要原则之一就是：母语与目的语之间的差异越大，学习者困难越大，犯错误的可能越大。这种将“语言之间的差异”（difference）与“学习者的困难”（difficulty）等同起来的作法受到了不少人的批评。批评者们指出，“差异”是语言形式上的，而“困难”是心理学上的一个概念，没有任何心理学依据可以将两个概念等同起来（W．Littlewood，1984）。此外，实验也发现，母语与目的语表面上相似的地方往往是学习者困难所在和易犯错误的地方。

3）许多对比分析研究主要限于目的语和母语的音位系统和句法系统的表层结构特征的比较。虽然拉多在1957年就指出过，文化对比与语言对比在对比分析研究中有着同等重要的地位，但在实际的对比分析研究的工作中，文化对比却一直没有得到应有的重视，甚至包括拉多本人也忽略了这一方面的研究。事实上，在外语学习中，学习者的许多困难以及学习者所犯的许多错误都与目的语和母语之间文化方面的差异有关。