张勤的论文中给出了该《指南》与现实的一个严重矛盾。第一，该指南中禁止同一内容用同一种文字或不同种文字再次发表；第二，博士学位授予条例中，多要求在答辩前，在高级别期刊中（不管中英文）发表源于博士学位论文章节中的内容，不然不让毕业；博士毕业后，博士学位论文到中国知网发表；博士学位论文中尚未发表的章节中的内容，也可以再投期刊发表；除此之外学位论文只有学生1人署名，期刊论文则必须是学生与导师联合署名且导师为通讯作者。要是强行执行《指南》，我们大学领导、教授、发论文的研究生们就都学术不端了。张勤的论文虽然强调“不涉及其他问题”，但大家都知道，此地无银三百两；还指出了很多（《指南》）与法律和道德冲突问题。