公元1398年的闰五月初十，朱元璋终告去世，由皇孙朱允炆继位，改年号为建文，是为明惠帝，也称建文帝。惠帝懦弱无能，如果不是长子嫡孙，誓难登上帝位，也因此给日后失去帝位而埋下了伏笔。

明朝的时候，各地藩王都拥有自己的兵力，虽然他们都是王室宗亲，但是他们的势力让皇帝都感到非常不安。而在众多藩王中，燕王朱棣的势力最为庞大，而且最具野心。当惠帝即位后，燕王的亲信、僧人道衍便向朱棣提出争夺天下的计划，遂挑起了朱棣的称帝之心。在道衍和术士袁琪的谋划下，燕王开始秘密练兵，积蓄力量，随时作反。

其实，燕王的野心早在朱元璋在世的时候就看出了，所以他临终时也曾交代：“燕王不可不虑。”惠帝即位之后，对诸王很有诫心，尤其是燕王，于是采纳了大臣的建议，决定进行削藩，先从唐、周、齐等王着手，然后再向燕王开刀。

惠帝派了张昺、谢贵、张信三人到北平监视燕王的一举一动，看看他对削藩的事有何反应。没想到三人所见的，竟然是燕王突然失心疯，在街上胡言乱语，到处逛荡。为了探清虚实，他们拜访燕王府，看见燕王在盛夏之时，还围炉烤火，而且仍是缩起身子，看来他是病得不轻。当然，燕王并非真的失心疯，而是假装，希望瞒过他们。

不料，燕王府的长史葛诚去告密，说燕王装疯，朝廷即令张昺、谢贵、张信三人去逮捕燕王。张信却出卖了朝廷，连夜奔走告知燕王，燕王又再次装傻，拒见张信，后来被张信的真诚打动，终于相信张信的真心，便接见了他。

待张昺、谢贵带兵来捉燕王的时候，燕王早已准备好一切，巧施妙计，骗他们说朝廷要下令要逮捕的人都已收监等候二人发落，遂把二人引进王府，安排酒筵招待，然后在这席间把二人和葛诚一同斩杀。

诛除了张昺、谢贵两位钦差，已等于表明了心意，燕王是非反不可了，于是在七月五日，燕王誓师起兵，以“清君侧、诛奸臣”的名义，自称“奉王靖难”，亲自统帅大军冲锋陷阵，不到一月，便全面占据了北平。从此起，便开始了历史有名的“靖难”事件。

燕王终于作乱，朝廷登时大乱，急派重兵北伐，可是大军抵达河兹澽沱河一带时，因为时值中秋，大军便暂前进，在营中欢度中秋，结果被燕王把握住了时机，趁朝廷大军不备之时，夜袭雄县，一举克城，然后大破朝廷北伐的大军。

第一次北伐失败，朝廷改派李景隆挂帅，再带大军北伐，可是深入北平地带后，又被燕军内外夹攻，大败。次年，李景隆复率六十万军北上，结果还是不敌燕王。燕王用兵如神，手下兵将尽皆精锐，朝廷的大军远涉而来，深入敌地，岂有不败之理。

不过，虽然三次重挫朝廷大军，但是朝廷仍然有许多人马，而且各处州府设防极为森严，燕王正为这不利于己的局势感到惆怅之时，却突然收到南京太监的来报，说京城空虚，如果能抓准这一时机直取京城，大事可成。

燕王果断非常，他不管这是否有诈，铤而走险，大举挥军南下，五月抵达长江北岸，六月渡江，燕军拼死向前，一举便把朝廷守军的防线冲破，全线崩溃。初三渡江之后，初八便打到南京城下，李景隆负责守金川门，但是燕兵一到，李景隆这个手下败将便胆怯，竟然开门迎降。燕王大军进城，百官一齐迎接。

这场叔侄操戈的争夺战中，燕王以“快”、“狠”、“准”而获得全胜，当他的大军进城之际，宫中火势冲天，惠帝已然不知去向。有说他在宫中自焚，有说从地道逃出，后来出家为僧，而惠帝的生死下落就成为了明朝史上的一个谜！

燕王登基，改年号“永乐”，是为明成祖。由于南京皇宫遭遇了大火，所以燕王决定迁都，把北平定为新的京都，自此称为北京。

永乐登基后，首先把惠帝的党羽诛杀殆尽，尤其是主张削藩的齐泰、黄子澄二人。在残酷杀戮方面，永乐帝可谓完全继承了他的父亲朱元璋。不过，在大肆杀戮过后，永乐帝为安人心，便推出一系列的改革措施，果然使国家得到大治，他于文方面，汇聚儒臣文士二千，重新修篇各类典籍，辑录成《永乐大典》；于武方面，他五次领兵北征，把威胁边境的鞑靼打得焦头烂额，稳定边陲；于对外政治交往方面，他委派“三保太监”郑和七下西洋，打通明朝与西方各国的关节，使中国的航海史发展了光辉的一页，也是明朝与西方国家建立了邦交，让西方各国认识到这个天朝大国；而于内政方面，他设立内阁，又重用宦官，开东西两厂的特务机构，与锦衣卫一起监察百官，使宦官和内阁之间相互制衡，重大的决策权就集于皇帝一身。

永乐帝为明朝建立了一个盛世，而这个盛世也得已一直传到嘉靖年间，永乐虽然和太祖一样嗜杀，但是他对国家的贡献却比太祖有过之而无不及，所以永乐帝也算是明朝史上一位英主，可惜的是永乐帝在第五次的北征归途之上因病去世，但是后继的明仁宗、明宣宗仍然能保得永乐时期的兴盛，使吏治清明，让百姓休养生息，明朝一片繁荣安定。不过，传到宣宗之子朱祁镇即位，即明英宗时，明朝出现了一个重大的转折点，这个转折点不是让明朝继续步向兴盛，而是使明朝逐渐走向衰弱，并且开始了明朝最具特色的一段历史“宦官专政”。