平吴三桂乱：康熙亲政时全国总兵六十镇左右，中央有三十多镇，三藩有二十多镇，天下军赋半入三藩。康熙要整顿督抚贪弊造成的民生艰难，在财政困难的情况下必须着手削藩。或者采取让吴三桂攻缅甸收复明朝丢弃的数十万里疆土，或者调其入藏疆蒙，不可能让三藩闲着消耗国库。仅是因为明珠操切让削藩过急，造成吴三桂叛乱。康熙当时面对的形势异常严峻，百姓困顿江南大部又多数沦陷，北方也多叛乱，幸亏吴三桂无平天下才能，没能利用清朝政策失误，他没用清君侧诛明珠帅军从四川入陕甘攻北京，而是先以恢复明朝的旗号，天下百姓困顿，但更对明末残酷剥削心有余悸，无论怎样都不会再要恢复明朝，加上康熙亲政前后多次下诏要惩治督抚贪弊，挽救民生，百姓心里更拥护康熙，所以天下虽然半数被叛军占领，但民心仍忠于清朝中央。康熙亲政重用布政使、总兵发挥了作用，把督抚任用权也控制在自己手中，在军事上、财政上都很有效果，在朝中倚重索额图、杜立德、李霨、冯溥等人，很快扭转了被动局面。勒尔锦帅额司泰等守卫荆州阻止叛军北渡长江，尚善等进攻岳阳，岳乐等驻江西牵制福建叛军，广东舒恕、金光祖也延缓尚之信三年后才造反。清军在江南防御为主，战线主要集中在西北。沙津、图海等首先平定察哈尔叛乱，勒尔锦在荆岳地区连续击败叛军，把叛军主力挡在长江南水网地区，西北清军在张勇、王进宝、陈福、孙思克、席卜臣等征战下很快收复陕甘大部地区，图海、董鄂、赵良栋也调往西北。在江浙岳乐、杰书等帅军也阻止了叛军向北发展。康熙十五年是转折，时任兵部尚书是塞塞黑，耿精忠、王辅臣都归降，这年尚之信虽叛乱但第二年也归降，清军获胜已成定局。台湾的郑经攻福建占领大片地区，耿精忠部担负防御台湾的责任，吴三桂主力仍在两湖与勒尔锦、岳乐对峙。十六年耿精忠和杰书收复福建大部，郑经退台。十七年叛军攻岳州失败，吴三桂意识到打明朝旗号无益转而称帝，一月后病死。十八年在岳乐等收复岳州、长沙平湖南后，十九年赵良栋、王进宝等攻占四川，叛军为抵抗从广西逼近云南的清军，主力退据云贵。二十年十月章泰、赉塔、赵良栋等帅清军攻占昆明，平云南，历时八年的叛乱平息。战后议政王大臣不听康熙赦免耿吴等人是最大错误，尤其是杀耿精忠等更冤枉，耿部很早归降抗击台湾五年，对国家有功抵罪，哪怕像林兴珠等派往黑龙江抗击沙俄也会有益。这次战争绿营总兵作用最大，赵良栋、王进宝、孙思克等都是总兵出身，康熙任用佟国正、姚启圣为督抚也标志布政使地位上升。