肥胖孕妇比正常体重孕妇更易生出先天性异常的婴儿，一项结果显示在胚胎发育敏感期母体肥胖将改变胚胎的发育。肥胖组织是高度积极的内分泌器官，分泌的大量激素改变了代谢，细胞因子和生长因子的循环。肥胖妇女在胎儿发育期发生代谢异常很可能导致胎儿先天性畸形发生率的增加。

      1959至1966年间5万多个美国妇女的出生资料显示超重或肥胖妇女所生的婴儿主要的先天性异常上升了1.4倍。许多病例对照研究报道肥胖孕妇所生的后代的神经管缺陷（NTDs）发生率是正常体重或较瘦孕妇的后代的2倍。

   目前还不了解肥胖孕妇为何更容易发生出生缺陷，但有证据表明其基本机制可能类似于糖尿病孕妇导致更多的胎儿异常。