崇正书院在清凉寺东侧山坡上，明嘉靖年间修建。整个建筑依山势而宜，绿树掩映，古雅清静，院内假山、水池、凉亭、徊廊相连，以及随宜点缀的花草、竹丝，具有典型的江南园林风格。二殿背面二殿背面西侧   1980年，南京市政府重修崇正书院，由当时南京工学院（现东南大学）建筑专家杨廷宝先生亲自指导设计方案，历时两年竣工。重修崇正书院的建筑样式是按照明朝最初形制分为三进：“进门左为监院公馆，右为乡绅公社，再进为讲堂，东西有学舍30间环之”。重修后的“小九华寺”恢复原名“崇正书院”。走出第二进的二殿，可以看到迎面台阶之上有一面石墙。墙上面镌刻杨廷宝先生题写的“清凉胜境”四个字。

石墙东侧   根据当时设计资料记载，崇正书院地处半山冈阜，东西窄，南北长，设计方案结合由低渐高的特定地形，因地制宜，采用厅堂、庭院布置，层层向纵深展开，勾划出一组轴线贯串、层次丰富、具有传统特色的庭院建筑群。   整个书院共有三进，正门面南居中，前厅宽五间，明间前架卷棚门廊，厅前石级二层，建筑高爽，前铺小广场，置石狮一对；二进中厅，宽七间，左右有廊屋与中庭相连，中有堂屋三间，梁架木柱利用原有旧料改建，东西两次屋有前廊，廊下挂落、朱栏、花槅扇、和合窗，素瓦粉墙，整组建筑运用南方民居式样，外观朴实明净厅内方砖落地，立帖梁架，陈设屏风、宫灯、明式案几，缀以梅桩、水石盆景等。   中厅是前后庭院景色的观赏点，设计时其前后檐墙采用通片支摘式玻璃门窗，使厅堂和庭院的空间相互衔接、流通，庭院景色前后渗透，相互补充；三进大厅原为“大雄宝殿”，改建时将其由原址上移十余米，增加大厅前的空间尺度。   三殿居高临下，四周古木参天，栏下泉水潺潺，环境十分宜人。放眼周围，树木一片苍翠，抬头远望，景色尽收眼底。