南北朝时期佛教盛行，尤其是城南雨花台地区寺庙林立。诗句“南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中”就反映了当年的景象。相传梁武帝时期，有位高僧云光法师在高座寺后的山顶设坛讲经说法，僧侣500余人趺坐聆听，讲得精彩，听得入神，数日而不散，感动佛祖，天降雨花，落地为石，遂称雨花石，雨花台也由此得名。成语“天花乱坠”正由此传说而来。雨花阁位于南京市雨花台风景区东部名胜古迹区古雨花阁遗址处。

六朝时始有建筑于此，相沿千余年，即清金陵四十八景“雨花香迹”之所在，后废。    1997年，根据云光法师讲经，落花如雨的传说，景区复建成了这座具有古典园林风格的建筑雨花阁。    雨花阁建筑方案由东南大学建筑系潘谷西教授主持设计。该阁为一座钢筋混凝土结构三层四檐八角形仿明清古典园林建筑．坐北朝南。