京城还有几个“特别监狱”，如步军统领衙门监狱、内务府审刑司监狱、宗人府“空房”等。各省的省级监狱由主管一省刑名的按察使司衙门掌管，省监与府、厅监狱一样，各设司狱一人专管。州的监狱由吏目、县的监狱由典史管理狱政。据清初监狱设置尚不完善时期的统计，全国有各类监狱二千余处。就规模大小而言，省、府、首县的监狱都比较大，羁押的犯人也比较多。自乾隆三十三年（1768）后，各省的官犯都一律关押在按察使司的司监里。

　　清代监狱继承以前的办法，高筑墙垣并栽植荆棘，并在狱门上刻画狴犴（ｂì’àｎ），因狴犴形状似虎，故习称监狱为“虎头牢”、“虎头大牢”。监狱大门内都建有狱神庙，有的称为狱神祠、萧王殿、狱神堂等，以供狱官狱卒和囚徒人犯拜祭，囚徒希望狱神保佑他获得公正、公平的判决，早日超脱羁押之苦；狱卒则希望狱神在冥冥之中庇护监狱平安无事。狱神庙的题联也很有意涵：

　　尔违条犯律，罪有应得；

　　吾发奸擿伏，歧途指返。

　　清代从雍正时期就开始编定具有法律效力的《提牢条例》，以供各监狱及法司部门执行，各方面的制度也逐渐完善。如天子脚下的刑部监狱，凡在禁囚犯，规定每天给食米一升，冬天给絮衣一件，夜给灯油。乾隆四十年前后，刑部监狱共有11处，每一处通连五间，上方悬设油灯三盏，有禁卒四名，坐更昼夜看守。

　　人们俗称监狱为“黑狱”，实际是指监狱内的黑暗和腐败。康熙五十一年（1712），桐城派的创始人方苞，因为给戴名世的《南山集》写序被打入刑部监狱，后来他写了一篇《狱中杂记》，揭露了康熙时期监狱的种种黑幕。当时的刑部监狱条件很差，每天都有三四人死于狱中，而往年多的时候每天都会死十几个人。狱中有四个老监号，关押的人经常是二百多人，天黑前要上锁，因而夜里大小便都在监舍。由于卫生条件差，一到春天，许多人都得了传染病。按照监狱的管理规定，天大亮时才开门，漫漫长夜，生者与死者接踵并卧，因而传染的人很多。

　　狱卒们为了捞取好处，只要有犯人进了刑部监狱，不问有没有罪，一律先戴上刑具投到条件最差的老监去，让犯人痛苦得无法忍受，就会出钱取保候审，这时再把他们安置在外面条件好的监舍。但这只是敲诈犯人的第一步，安置到外面后，狱卒再根据他们的家庭财产状况确定必须出多少钱。拿到这些钱以后，官与吏按比例分成。那些中等以上的家庭都竭尽全力取保，条件差一些的也必须出钱设法把犯人转移到监外板屋里，并脱去刑具。大概从里监转到外监，就要花费几十两银子。只有那些极为贫困，无依无靠的人，才戴着刑具，“为标准以警其余”。重情犯人因为出了钱，安置在条件好些的外面板屋，而犯轻罪及没有罪的证人却要在条件最差的里监遭受惩罚，因而死的往往都是这些人。按照规定，凡是官员犯罪，一律居住在外面的板屋。最后的结果是，贫困的人囚在条件最差的老监，而大盗却住在条件较好的板屋。