2006年9月，由发改委、卫生部牵头、11家国家部委(后增添到16部委)组成的多部委医药卫生体制改革协调小组成立，负责研究医改总体思路和政策措施。当时国家发改委主任马凯和卫生部部长高强组成“双组长”。医改协调小组成立后，随即组成了4个专题小组，就医院体制改革、医保体制、药品流通体制和卫生投入机制四方面，分赴20多个省市专题调研。
    2006年9月至2007年1月是利益之争的第一阶段，医改方案4大核心部委发改委、卫生部、社保部、财政部在多部委医改协调小组内部展开了激烈的内部论战，尤其是卫生部和社保部。卫生部倾斜于“补供方”，就是加大政府对公立医疗机构的投入，提高医务人员收入，同时保持医疗机构平价运行；劳动与社会保障部倾斜于“补需方”，就是政府出钱，补贴民众参加公立医疗保险，从而推进全民医疗保险的实现。卫生部认为要关注基本医疗的提供，希望投入用于常见病、多发病的预防和治疗，而劳动与社会保障部是主张从大病入手。
    2007年1月，中央决定，将医改方案起草权暂时从4大核心部委手中剥离。医改方案起草进入利益之争的第二阶段，医改协调小组委托6家国内外机构进行新医改方案各自起草设计。这六家机构分别是北京大学、复旦大学、国务院发展研究中心、世界卫生组织、麦肯锡和世界银行。2007年的5月，北京师范大学、中国人民大学又加入新医改方案的设计队伍中。2007年6月，清华大学成为“第九套方案”的递交者。
    2007年6月，多套医改方案“过堂”之后，医改方案起草进入利益之争的第三阶段。医改核心部委开始减少对其他部委的关注和批评，转而通过己身负责的项目“扩大地盘”。2007年7月，社保部一直主张的城镇居民医保试点获批启动，全民医保框架初步形成。至此，卫生部主导的重建社区、试行收支两条线、医药统购统销政策，与社保部的全民医保政策形成分庭抗礼之势。具体到医改方案的起草，各家起草各家负责之处。
    2008年10月14日，医改协调小组发布了《关于深化医药卫生体制改革的意见（征求意见稿）》，公开向社会征求意见。根据发改委消息，截至11月14日，通过网络、传真、信件等方式共收到反馈意见35260条。新医改方案征求意见稿明确了“到2020年，覆盖城乡居民的基本医疗卫生制度基本建立。”的总体目标，也确立了“以人为本、立足国情、公平效率统一、统筹兼顾”的基本原则，并突出了“政事分开、管办分开、医药分开、营利性和非营利性分开”的医改方向，还提出了“四梁八柱”的基本医疗卫生制度的基本框架。“四梁”指的是公共卫生体系、医疗服务体系、医疗保障体系、药品供应体系；“八柱”指的是医疗管理机制、运行机制、投入机制、价格形成机制、监管机制、科技和人才保障、信息系统、法律制度。为了“力争近期取得明显成效”，新医改方案还并确定了着力抓好五方面重点工作” 即“推进基本医保，建立国家基本药物，加强基层医疗，促进公共卫生均等，推进公立医院改革”。
    新医改方案看似目标明确、框架清晰，同时，既明确了政府主导、提高公益性的原则，又强调了要改善政府管理，发挥市场机制。不过，在征求意见中，引起社会激烈争议是众所周知的事实。著名央视名嘴白岩松曾公开批评医改方案“专、绕、涩、大、空” ，将之称为“看病难”、“看病贵”之后的“看懂难”。广大群众看不到“看病难、看病贵”问题的直接答案，没有具体的解决问题的时间表与近期目标，字眼摸棱两可，模糊性空间较大，方案可操作性是整个社会都表示失望或怀疑态度的直接原因。
    社会的不信任除了因为方案内容专业性太强、篇幅太长以外，更多来自于方案从众多自相矛盾的表述。群众对前后矛盾表述的焦点争议，恰到好处地反映了新医改方案是多部委利益博与协调的产物。如,既要“推动医疗机构管办分开”，又要“探索实行收支两条线”；既要“公立医疗机构为主导、非公立医疗机构共同发展的办医原则”，又要“形成投资主体多元化、投资方式多样化的办医体制”；既要“建立和完善医院法人治理结构，明确所有者和管理者的责权，形成决策、执行、监督相互制衡，有责任、有激励、有约束、有竞争、有活力的机制”的管办分离，又要“对有条件的医院开展‘核定收支、以收抵支、超收上缴、差额补助、奖惩分明’的试点”。既要“改革药品加成政策，实行药品零差率销售”，又要实行“药品购销差别加价”；既要“建立基本药物的生产供应体系，在政府宏观调控下充分发挥市场机制的作用”，又要“基本药物由国家实行招标定点生产或集中采购，直接配送，减少中间环节，在合理确定生产环节利润水平的基础上统一制定零售价”。
    新医改方案征求意见稿公布前，社会对新医改亮点、兴奋点的期待值很高，但征求意见稿的内容并没有多少实质性亮点，因为，新医改解决的并不是新问题，而是多年来卫生事业积重难返的问题。与1997年的《中共中央、国务院关于卫生改革与发展的决定》相比，两者都反复强调“建立比较完善的卫生体系”、“各级政府要努力增加卫生投入”、“优先发展和保证基本卫生服务”、“重点加强农村卫生、预防保健和中医药工作”、“医疗机构要以国家、集体为主，其他社会力量和个人为补充”、“发展社区卫生医疗”、“实行区域卫生规划”、“防止片面追求经济效益而忽视社会效益的倾向”等。卫生部党委书记高强曾说过“97医改的方向没问题，只是操作上出了问题”。那这次多部门博奕的新医改方案操作还是否会出问题呢？
    利益之争的反映了政府多个相关主管部门并没有对新医改方案达成共识，也没有顺应卫生政策制定本身所应该遵循的规律。利益与力量的博奕形成的卫生政策，与遵循医疗卫生规律所制定的卫生政策，应该是完全是不同的。在对中国的国情与卫生政策科学没有达成共识的情况下，冒然推动新医改是有一定风险性的。比如由卫生部、财政部和劳动和社会保障部联合推进新农合向8亿人口全面铺开，这本身是好事，但新农合管理机制的不完善，导致出现的一系列不容忽视的问题是值得反省的。医改是世界难题，绝非中国一家之痛。新医改刻不容缓，已经做的、未来将做的，除了要考虑部门利益外，更要考虑其自身的科学性和可操作性。制定政策的依据是什么，这点必须弄清楚。另外，谁来为广大人民群众、广大医务人员争取权益？