喀纳斯湖湖面海拔为1374米，蓄水量53.8亿立方米，列居中国淡水湖第三，湖泊最深处高程为 1181.5米，湖深188.5米 ，是中国最深的冰碛堰塞湖；湖泊两侧崖岩林立，断层痕迹清晰；湖泊平面上北侧呈北东向，南部形态呈北东南西相互交织的锯齿状，与区域北东南西向两组构造线一致，是第四纪冰川和构造断陷共同作用的结果。喀纳斯湖是中国唯一的北冰洋水系，湖水来自奎屯、友谊峰等山的冰川融水和当地降水，从地表或地下泻入喀纳斯湖。