喀纳斯湖年降水量为1000毫米左右，最大降水带为海拔2100米。冬季漫长，降雪丰富，一般8月初开始出现霜冻。海拔1400米以上，8月下旬开始降雪；海拔3000米以上， 8月初开始降雪，一直到翌年5月下旬或6月初，降雪期长达8个月左右，积雪深度可达1—2米，降雪日数一般在73天以上，稳定积雪期在200天左右。雪线分布在海拔2850米左右。年蒸发量约1000毫米，与降水量大体持平。

    喀纳斯湖空气湿度较大，相对湿度一般为59%-90%，湿度随海拔升高而增加，森林内湿度一般可达90%以上。