1986年，经国务院批准，确定为国家级自然保护区，隶属新疆维吾尔自治区林业厅管理，设管理处。

    2000年成立“喀纳斯环境与旅游管理委员会”与“喀纳斯国家级自然保护区管理局”，机构隶属布尔津县。

    2003年喀纳斯管理机构上划阿勒泰地区，改“喀纳斯环境与旅游管理委员会”为“喀纳斯环境与旅游管理局”，对该地域资源的开发、利用和保护实行统一管理。

2006年7月，阿勒泰地委、行署决定成立了中共喀纳斯景区委员会和喀纳斯景区管理委员会，明确了喀纳斯景区10030平方公里的大旅游管辖区域，并将布尔津县的禾木哈纳斯蒙古民族乡、哈巴河县的铁热克提乡划归景区管委会统一管辖。