贡院建成后，又多次扩建。道光元年（1821），两广总督阮元率官绅士商捐修贡院，对号舍拆旧建新，并增高、拓宽、加深，巷道也一并扩展，总计南北扩地12丈，东西扩地1丈8尺。号舍内全部铺砖，巷道、甬道和大门外也铺上石块，又重建了龙门外东西官厅，修葺誊录所，与对读所合并，并另建新对读所，历时两年六个月。道光二十一年（1841），因鸦片战争影响，贡院内杂草丛生，于是广东知名绅士潘仕成独自捐资13500两，于道光二十二年（1842）修葺增建号舍500间。至此，号舍规模已达8000多间。

咸丰七年（1857），贡院在第二次鸦片战争中“皆为瓦砾”，惟明远楼仅存。咸丰十一年（1861），正值辛酉科举乡试期间，广东总督劳崇光认为乡试不可久停，便同绅士询谋捐建贡院。这座复建的贡院耗资甚巨，规模更大，东西为45丈，南北为140丈，设有外三门，内三堂主考监临众官居所50余所，号舍8154间，工程布局较之前也有所改良，并有皇上亲书的匾联。新贡院落成后，是年十月便在此举行了辛酉科举乡试，并补试了茂午科举乡试，共录得160人。

同治元年（1861），广东总督瑞麟、巡府蒋益澧以广东学额、举额增加为由，奏请朝廷派三名同考官，并号召绅士捐资再建号舍3000间。到同治6年（1866），广州贡院的号舍已达到11708间，规模之大位居清末四大贡院之一。光绪十四年（1888），两广总督张之洞又一次增修。