清光绪二十七年（1901），清政府颁布“兴学诏书”，新学在广东相继而起。1901－1904年是科举考试与学堂并存时期，新学——教忠学堂的不少“教忠”学生也参加了科举考试，考取秀才的为数不少，这是新

旧交替时期的怪现象。这从另一个侧面反映出，接受新学教育的学生的旧学根底深厚，文笔优长。

光绪三十一年（1905），在中国历史上延续了1300年的科举制废除，属于旧学的广东贡院终结了自己的历史使命，被改建为两广速成师范馆，从此成为新学之地，文脉一直相传至今。

1906年，清政府在此设立两广优级师范学堂，贡院的建筑除了红楼以外，都被拆除，在红楼前建了钟楼，两侧新建了东堂、西堂。设文学、史舆、数理化、博物四科及体操专科，并附设有中学、小学、初级师范，供学生实习。1912年2月，该学堂改名为广东高等师范学校，1923年11月改称国立广东高等师范学校。

1924年1月4日，孙中山先生以陆海军大元帅名义，下令“着将国立高等师范、广东法科大学、广东农业专门学校合并，改为国立广东大学”，培养革命理论和科学文化建设人才。1926年8月17日，为纪念孙中山先生，国民政府下令改国立广东大学为国立中山大学。国民党第一次全国代表大会就是在中山大学内的钟楼举行，鲁迅先生在任职中山大学文学系时也曾在钟楼内工作和居住。抗战时期，中山大学内的多数建筑被炸毁，而明远楼独存。

1959年，贡院旧址又建起了广东省博物馆，其中，东堂改建为广东省博物馆的展示厅，西堂在上世纪八十年代拆建为中山图书馆。贡院最终形成以钟楼为中心，西图(中山图书馆)东馆（广东省博物馆）后红楼的布局。