尽管南平医闹风波已经平息，但是对这起事件的反思还在继续。人们质疑当地政府对这起事件的处置是否得当，一些人甚至批评“政府乱作为”，“公安不作为”。他们认为，当地政府迫于医闹的压力，要求医院与患方签订“不平等”协议，医院出巨资补助患方，并同意双方不追究刑事责任，虽然花钱买了一时的平安，发出的却是不依法解决医疗纠纷的错误信号，将来医闹只会愈演愈烈。而面对扣留医生、打人、损毁公物等明显的违法行为，警方未及时采取有效措施依法加以制止，导致事件升级。

　　官方主导下医患双方签订的协议，是此间舆论的焦点之一。这份协议的内容包括：医方同意补助患方21万元；由于双方发生肢体冲突均有人员受伤，“双方同意责任自行承担不予追究刑事责任”。对此，南平市第一医院的医生说，“以前闹闹，赔钱就算了。这次扣留医生，捅伤医生，结果医院照样赔钱，还签订协议规定互不追究刑事责任。真是奇耻大辱！”有人认为，正是这个让“医生觉得很窝囊”的处理结果，直接诱发了该院医生集体上访。

　　南平市一位何副市长解释说，这份协议是在形势严峻的情况下，权衡利弊，“不得已做出的妥协”。这是多好的借口，在事态发生开始，如果政府要求公安机关，医疗纠纷只能通过正常的法律渠道解决，如果发生违法犯罪活动，就给予坚决、快速打击，而且规定，任何医疗纠纷，如果演变成医闹，就关闭谈判大门，而且政府还可以责成卫生行政部门，制定政策，任何医院发生医疗纠纷后，“私了”的最高上限金额不超过2~3万元，这样医闹就会算医闹的成本，失去了医闹的空间，就会引导患者和家属向着正确的法律手段维权。

　　当地政府与公安认为，这起全国闻名的医闹事件，在开始阶段和之前发生过的其他医闹类似，就是死者家属摆花圈、要求院方解释死因并赔偿。后来因为一些医生“不够冷静”，冲进病房解救被扣留的医生，使得事态突然升级。然而，南平市第一医院的医生则认为，是现场警察的不作为，才迫使他们自行组织前往解救被扣医生。公安部与卫生部早在数年前就联合发文，通告明确规定，任何患者不得在医院内摆花圈、设灵堂、长时间停放尸体，更不得扰乱正常的医疗秩序，而南平的医闹显然已经超出了二部通告的内容，且带有明显的黑社会性质，公安部门总是以医闹为人民内部矛盾、慎用警力、慎用武器警械、慎用强制措施，做到“三可三不可”（可散不可聚、可顺不可激、可解不可结）为借口，其结果只会导致和助长一个地方甚至是全国医闹愈演愈烈，成为一种严重的社会病。这种公安系统的不作为，是对医护人员的严重伤害，对医疗卫生事业的健康发展的损害和后果将是深远的！　　  

       南平事态发生后，网友一改往日大多数人指责医院和医护人员的倾向，纷纷在痛恨医闹的同时，把更多的怨气和反思冲向了政府和公安机关，因为大多数善良的网友，突然发现，中国的医疗纠纷，已经远远超过了医疗事故处理的本身，已经演变成了一种社会病，而这种社会病，如果政府和公安机关不作为，有一天会影响到你、我、他！