一是设立手续不同，在外地创办独立核算子公司，需要办理许多手续，设立程序复杂，开办费用也较大，而设立分公司的程序比较简单，费用开支较少；
二是核算和纳税形式不同，子公司是独立核算并独立申报纳税，当地税务机关比较喜欢，而分公司不是独立法人，由总公司进行核算盈亏和统一纳税，如有盈亏，分公司和总公司可以相互抵扣后才交纳所得税。
三是税收优惠不同，子公司承担全面纳税义务，分公司只承担有限纳税义务。子公司是独立法人可以享受免税期限、优惠政策等在内的各种优惠政策；而分公司作为非独立法人，则不能享受这些优惠政策。
设立子公司应符合《公司法》和《条例》规定的条件和程序。只有国家授权投资的公司可投资设立全资子公司（即国有独资的子公司）其他公司只能设立有限责任公司或股份有限公司形式的控股子公司。
设立子公司的规定：
1、虽然子公司受母公司的控制，但在法律上，子公司仍是具有法人地位的独立企业。其财产与母公司的财产彼此独立，对各自债务各自负责，互不连带。
2、子公司的独立性主要表现在：拥有独立的名称和公司章程；具有独立的组织机构；拥有独立的财产，能够自负盈亏，独立核算；以自己的名义进行各类民事经济活动；独立承担公司行为所带来的一切后果与责任。