1874年12月1日，日本侵略军撤出台湾。但日本在《北京专条》中迫使清政府承认了琉球被害渔民为“日本国属民”之后，立即加快了吞并琉球的步骤。

1875年5月，日本政府召琉球三司官池城安规到东京，逼迫琉球与中国断绝关系，附属日本。遭到池城安规拒绝后，日本政府竟蛮横地发出五条命令，强迫琉球执行：①为对中国朝贡而派遣使节及庆贺清帝即位等惯例，一概废止；②撤销在福州的琉球馆，贸易业务概归设在厦门的日本领事馆管辖；③废止藩王更迭受中国册封的惯例；④今藩王来朝，对政治厘革及兴建的办法，加以研究后决定；⑤琉球与中国今后交涉，概由日本外务省管辖处分。

同年6月，日本侵占琉球，强迫琉球国王尚泰改奉日本年号，遵从日本法律。琉球国王拒绝接受，并秘密派遣两名专使向德宏和林世功前往中国求助。由于途中遇风，1876年12月驾乘小船冒险来华的两名密使，直到次年4月12日才抵达福州，告诉总督何璨和巡抚丁日昌，贡使已经受到日本人的拦阻。何璨、丁日昌于6月14日联名上奏，称拒绝援助琉球会被西方大国看成是中国没有能力保护其属国的迹象。他们建议新近任命的驻日公使何如璋就此事同日本人交涉。这个建议在奏折收到当日便付诸实施：总理衙门传命首任中国驻日公使何如璋妥筹办理。

何如璋主张，对日本阻止琉球入贡一事要“示以必争”，对琉球被逼属日一事要“示以必救”。总理衙门深以为然，派何如璋出使东京，开始了就琉球问题同日本政府的谈判。但日本政府却以琉球事务是日本内政为由，拒绝谈判。

1879年2月，日军500人突然自那霸登陆，侵占琉球国都首里，并将琉球国王尚泰强行挟持去东京。3月11日，日本正式吞并琉球，改琉球为冲绳县，设县厅治于首里，任命日人锅岛直彬为县知事，强行接管琉球。

日本吞并琉球的消息传来，深令李鸿章震惊。1875年台湾危机“和平”解决以后，即使琉球状况不断恶化，李鸿章仍在做着他的中日“联盟”梦。以至于1877年日本爆发萨摩藩叛乱时，他还迅即借给日本弹药10万发。他根本没有预见到日本在平定萨摩藩叛乱后会兼并琉球。回溯起来，李鸿章对日容忍政策削弱了中国在琉球争端中的地位。

李鸿章决定请来华访问的美国卸任总统格兰忒为中国进行斡旋。这位美国前总统高兴地接受了李鸿章关于调解琉球争端的要求，亲往日本同日本领导人商讨。他建议中国和日本各派一名代表会晤，解决琉球问题。这个建议最终为日本政府所接受，清政府欢迎这个建议，因为一再拒绝通过外交途径讨论问题的是日本。

1880年，日本政府决定派宍户矶到中国。总理衙门领班大臣恭亲王代表清政府与宍户矶谈判。谈判持续了两个月，终于拟就了条约草稿。

然而当草约呈送清廷批准时，却激起了众多高层官员的愤怒。因为根据草约的条款，中国以保有琉球南端宫古、八重山两个岛屿作为交换条件，给予日本梦寐以求的“最惠国待遇”和“内地通商”特许权，而日本则将永远据有其余73个岛屿。这时已对日本大失所望的李鸿章强烈反对予以批准。由于李鸿章的强烈反对，清廷决定不批准这项条约草案。宍户矶遂于1881年初离开中国，“以示抗议”。中国关于琉球的争端因而在法律上仍然未获解决，直至今天仍然如此。严格说来，现在中国如果向日本提出冲绳县的主权问题，也不能算是“无理取闹”。