1885年9月，37岁的黄遵宪辞去旧金山总领事的职务，就在他等待辞职批准的时候，美国怀俄明州石泉城发生了臭名昭著的屠杀华人事件。1885年9月2日，美国白人矿工和华人矿工长期积累的种族矛盾爆发，共有28名中国矿工被杀，15人受伤。

  事件发生后，黄遵宪致函中国驻华盛顿公使，要求调查此事，郑藻如通过使馆聘请的美国傅烈秘律师和纽约总领事黄锡铨前往事发地调查。这件事情也传回了中国内地，引发了1886年长江一口岸反传教士的暴力事件。从这时起，国内在长江流域、四川地区反传教士事件层出不穷。

  1885年9月23日，黄遵宪离开美国，他在美国一共工作了两年半，目睹了同胞在异国的受辱，看到了世界的新形象，不同种族与文化之间的冲突，也颠覆了他理想中的儒家大同世界的梦，回国的船上，正逢中秋佳节，但是这个中国举国同庆的日子，船上却并无氛围，西方人没有赏月的习惯，中国劳工睡在拥挤不堪的底层船舱，只有他一个人欣赏月光，写下这样一首诗《八月十五夜太平洋舟中望月作歌》：

 茫茫东海波连天，天边大月光团圆。

送人夜夜照船尾，今夕倍放清光妍。

一舟而外无寸地，上者青天下黑水。

登程见月四回明，归舟已历三千里。

大千世界共此月，世人不共中秋节。

泰西纪历二千年，祇作寻常数圆缺。

舟师捧盘登舵楼，船与天汉同西流。

虬髯高歌碧眼醉，异方乐祇增人愁。

此外同舟下床客，梦中暂免供人役。

沈沈千蚁趋黑甜，交臂横肱睡狼藉。

鱼龙悄悄夜三更，波平如镜风无声。

一轮悬空一轮转，徘徊独作巡檐行。

我随船去月随身，月不离我情倍亲。

汪洋东海不知几万里，今夕之夕惟我与尔对影成三人。

举头西指云深处，下有人家亿万户。

几家儿女怨别离，几处楼台作歌舞？ 悲欢离合虽不同，四亿万众同秋中。

岂知赤县神州地，美洲以西日本东，独有一客欹孤篷。

此客出门今十载，月光渐照鬓毛改。

观日曾到三神山，乘风意渡大瀛海。

举头祇见故乡月，月不同时地各别。

即今吾家隔海遥相望，彼乍东升此西没。

嗟我身世犹转蓬，纵游所至如凿空。

禹迹不到夏时变，我游所历殊未穷。

九州脚底大球背，天胡置我于此中？异时汗漫安所抵，搔头我欲问苍穹。

倚栏不寐心憧憧，月影渐变朝霞红，朦胧晓日生于东。

  月光之下，诗人倍感苍凉，回到日本的时候，他的老上级，首任驻日本公使何如璋在1884年主办福建船政，因为中法战争，船厂被毁，他被流放新疆。

  在美国的经历让他意识到，世界发生了根本的变化，就是一个国家权力的竞争场，印度已灭，埃及被征服，土耳其由盛转衰，整个亚洲也面临威胁，白人文化正在征服世界。他反复用“弱肉强食”这个词来提醒黄种人注意种族危机，他也是在日本期间，第一次意识到“黄种人”的概念。

  黄遵宪最初通过种族主义、达尔文主义理解他所处的世界，他承认竞争推动人类历史的进步，进化是不可抗拒的。为了生存，每一个国家都必须经常变革其制度，任何国家老是守着什么祖宗家法，那是必然要落后的，他认为君主专制是中国进步的最大障碍。他认为中国的帝制必须终结，20世纪的中国必须建立议会制。“举世趋大同，度势必有至”。

  黄遵宪内心还是有一个“大同”理想的，东西方进化终极目标是和平的大同世界。