广东社会科学院陈伟东专家认为，学术界流行的社区自治概念存在两个明显的缺陷：
    一是社区自治组织的“全能化”倾向，似乎社区自治组织可以包揽除行政事务以外的其他所有公共事务。一般来说，社区公共事务包括公共安全、公共生态环境、公共医疗保健、公共社会保障、公共设施、公共文化体育、公共人口管理等，社区公共事务具有复杂性、多样性和动态性特征，任何一个组织不可能包揽社区公共事务。有效治理社区公共事务需要各类组织的功能分化，政府组织承担行政管理功能，社会中介组织(社区医疗保健中心、社区社会工作服务站、社区社会保障中心、社区物业管理公司等)承担公益性、专业性服务功能，社区自治组织承担居民权益表达与维护功能，居民小社团履行互助功能。
    二是政府组织与社区组织的“对立化”倾向，即政府组织和社区自治组织各自管理自己的事务，两者互不相干，这是从一个极端走向另一个极端，从过去政府完全控制居委会走向政府与居委会的绝对分离。在社区自治中，政府“既不是一只无形的手，也不是一只沉重的手，而是一只有力推动的手”，政府的功能包括输入能量和参与治理，政府应该向社区输入法律制度、资金、设施、信息等资源，并直接参与治理某些公共事务。当然，大多数政府部门要从社区逐步退出，将公益性服务功能让渡给相应的社会中介组织。但是，政府组织不可能完全退出，需要直接参与治理外部性极强的公共事务。例如，社区公共安全内存一对矛盾：警察只能提供普遍性服务却不能适应社区需求的差异性，社区“各自为政”能增加局部安全却又会损害全社会安全；改革社区安全机制就是要从过去以惩罚为主的“控制模式”转向以预防为主的“合作模式”，建构警察与居民之间的合作防范网络。
    消除流行观点的缺陷，需要引入“自组织”理论。即社会成员所建构的以信任与合作为基础的自我协调机制，它不同于市场领域的价格竞争机制和国家领域的行政命令机制。
    这是社会科学家反思20世纪70～90年代“全能国家失败”和“全能市场失效”的结果，人们发现“自组织”是一种最自然、成本低而收益高的人类关系协调机制。