皇帝一声令下，李定立即以极高的工作效率忙起来——一方面精心挑选审问苏轼的人员；一方面搜罗所谓人证、物证，不惜采取伪造文字等手段；一方面又组织人员日夜研读苏轼的诗作，尽可能多地搜求“谤讪”字句……同时，派太常博士皇甫遵精兵简从，倍道疾弛地前往湖州捉拿苏轼。

皇甫遵至湖州后，率二狱卒气势汹汹地直奔州府大厅。

苏轼见状，说：“我近来触犯朝廷的地方很多，今日必是赐死。死固不辞，请允许我回家与家人诀别。”

皇甫遵说：“不至如此。”

二狱卒遂上前逮捕了苏轼。时为六月十八日。

苏轼被押解出城上船时，湖州百姓闻讯，皆出城相送，哭声响成一片。苏轼的妻子、儿子也出城相送，泪如雨下。苏轼为了安慰妻子，想起了他曾给妻子讲过的一个趣事：宋真宗遍记天下隐士，得杞人杨朴。人言杨朴能诗，故真宗问：“卿临行有人赠诗否？”杨朴答道：“臣妻送我一首：‘便休落拓耽怀酒，且莫猖狂爱咏诗。今日捉将官里去，这回断送老头皮。’”于是苏轼对妻子说：“子独不能如杨处士妻，作一诗送乎？”妻子闻言，不觉失笑，苏轼遂登舟赴诏狱。

苏轼被押至太湖时日色已晚，皇甫遵已经抓获苏轼，也就不那么着急，便休息于太湖鲈香亭下。是夜，月色如画，风吹波涌，苏轼望着浩淼无垠的太湖，心想：此番被仓猝逮捕，必定下狱究治，所株连的朋友一定不少。如果此时跳湖自尽，则少受许多苦楚。转念又想，若自己自杀，弟弟苏辙（字子由）必不能独生，不由摇头自语：“不欲辜负老弟。”

一路上，苏轼的长子苏迈跟随苏轼。入狱前，苏轼悄悄对苏迈说：你在外面要随时探听消息。平日，送饭只给我送菜与肉。若有不测，便给我送鱼，不要送菜、肉。
七月十八日，苏轼入狱。二十日，李定等人便急不可待地提审他，摆出其《元丰续添苏子瞻学士钱塘集》，令苏轼一一招供每首诗的真正含义。苏轼除了承认舒亶指摘过的《山村》诗有涉时事外，申明别的诗都无关时政。

二十二日，李定等又问苏轼都和哪些人有过诗文唱和酬答，苏轼只回答“没有”。
二十四日，李定等又追问苏轼除《钱塘集》外还有没有其他讥讪文字，苏轼仍说“没有”。

……

就这样，旷日持久的审讯一直持续到年底。十二月二十八日，苏轼不堪各种折磨，被迫写出了两万余字的供状，承认自己以诗讽刺朝政，反对变法。至此，拖了半年之久的审讯才告结束。