笔者至今还不是一个有神论者，更无意也没有必要宣扬神创论。因此，本文仅是笔者从理性、逻辑、学术和尊重事实的角度，在现有科学发现和证据的基础上，对进化论中一些令人不能信服的方面提出质疑。

从以上考察，也许可以得出至少以下四个结论：（1）进化论存在着一些明显的错误；（2）进化论缺乏足够的证据，因而仍然是一种假说；（3）人们常常把进化论视如一种与神创论那样的信仰，对其缺乏应有的科学态度；（4）进化论并非惟一的科学结论，也许在进化论与神创论之外，还有其他的学说和理论。

公正地说，达尔文本人还是具备一种精神，即放弃探索便意味着使整个地球过去生命的历史这个问题永远都成为不解之谜。根据这种精神，正好也让我们来更深地思索一下进化论是否真能够解开整个地球过去生命历史的谜团。

达尔文进化论产生过程的特点是：出于以纯自然方法阐明生命起源的信念，仅通过某些有限的观察而建立进化假说，随之再带着主观的意向、有选择性地搜集可能支撑这个假说的证据，却完全漠视了不利的证据。也就是说，达尔文的进化论在后来的一段发展过程中，主要是源于信念而非来自充分的科学依据。从这个理论的整体架构来看，其中对猜测的雄辩以及与对逻辑的遁词，远远多于对证据的收集和对事实的确认。不过公正地说，达尔文进化论产生过程中的这些特点，或者说局限，与他当时科学发展的水平是有关系的。毕竟，我们今天看待达尔文和他的进化论，或者生命起源和生物进化等问题，与达尔文当年看这些问题，所处的认识高度是不同的，也就是说，没有同在一个起跑线上。这是比较客观、公正地评价达尔文和他的理论所不可忽视的一个科学态度。

进化论的科学性如何，最好从“科学”、“科学理论”与“科学主义”的界定入手。“科学”的英文Science源自拉丁文“Scio”，原义为“I know”，即“我知”。由此可见，“科学”即是人类对自然界的一种认知。一般说来，“科学”应具备三大特征，即重复性、条件性和可感性；还应具备三大要素，即经验要素、概念要素和形式要素。科学的发展有一个进程，即假说——理论——规律——原理。

科学家试图观察自然界的现象，并探讨它们的究因。科学研究并非仅是对资料进行被动地搜集，而是一种具有预定性、主动性和创造性的积极进程，以便引导人类尽可能揭开自然本身的真正奥秘。科学家在确切认识大自然之前，尽管证据不足，但仍可以根据某些现有的客观资料、事实、条件和认知，运用自己丰富的想象力做出推论和猜想，从而提前建立一种预测性的雏形模式来对自然做出某种程度的描绘或解释，这就是科学假说（Scientific Hypothesis）。假说在科学探索过程中是必要步骤之一，但其最后命运或是遭到淘汰或是形成科学理论。如果在一定的程度上，假说经过实验证实后能与已知事实相符合的话，才可上升为科学理论（Scientific Theory）。从整体上看，科学理论是一种系统化、概念化、抽象化和逻辑化的理性结构和规则陈述，用来解释自然界事物的现象，并揭示出其内在规律。这种理论经过了时间的考验，日益精确，与以后所发现的新事实始终没有矛盾，并且在表现了所观察事物的发展或事物之间关系的本质性、条理性或连续性时，便可称为科学规律或定律（Scientific Law），如牛顿的万有引力定律等。当然，科学理论比科学定律的范围和内涵更宽阔、灵活和多样。倘若定律能得到广泛应用，便可公认为原理（Principle），甚至普遍原理。因此，对于科学来说，也许它的最终极理想就是总结出一个最基本的原理。例如，在科学上，都是遵循“因果原理（Principle of causality）”，即“同因产生同果”。

作为科学的开山始祖，亚里士多德认为科学是通过演绎组织起来的一组陈述，它从观察上升到一般原理，然后再返回到观察，因此科学家应从解释的现象中归纳出解释性原理，然后再从包含这些原理的前提中，演绎出关于现象的陈述。17世纪英国哲学家培根（Francis Bacon）将科学方法归为三点，即经验的（empirical）、客观的（objective）和合理的（reasonal）。尽管对它们很难精确界定，但直到今天，科学依旧始终遵循着这些理念。另一位17世纪英国哲学家洛克(John Locke)强调在科学上能够达到的至多是关于“现象”的联系以及前后相继概括的集合。18世纪的英国哲学家休谟(David Hume)则认为，真正的知识，尤其是科学知识，必须符合两个标准：一是可利用观察（observation），另一是可利用计算（culculation）。前面提及过的科学哲学家波普尔(Karl Popper)对科学的定义是：（1）自然律的引导；（2）能够解释自然律；（3）既可用经验来证实，即肯定，也可证伪，即否定。另一个重要科学哲学家托马斯·库恩(Thomas Kuhn)将科学看成中一个发展和变化着的整体，并将科学分为“常规科学(normal science)”与“革命科学(revolutionary science)”，而所谓科学进步即是这两种科学的交替。他认为所谓常规科学包含公认的“范式(paradigm)”，因而它通常是保守的。也就是说，只要范式能够有效地应用，整个常规科学就能顺利进行下去。然而当范式与事实和资料不能相符时，整个常规科学的基础就会发生动摇。那些与范式不相符的事实和资料所描述的现象就是一种“反常(anomalies)”。因此，常规科学最终只能导致对反常和危机的承认。倘若仅有少数一两个反常还不足以推翻一个范式，而随着一个具有新生命力的竞争范式出现，科学便从“常规”转化为“革命”。但若要肯定这个阶段的到来，就必须有充分的观察证据来进行比较。

对科学家来说，所谓科学主义，就是任何结论都要建立在事实和证据的基础上。一般说来，科学具有两个最基本前提：（1）遵循自然规律，即服从大自然的本来秩序；（2）人类能够逐步了解这种自然规律。科学家的本职就是对自然律进行观察和解释，即后者将前者的意义描述出来。

根据一些科学家们的意见，所谓科学证据有五种形式：（1）完全可知的证据，如地球是球形的，若有人不相信这种说法，可乘宇宙飞船到外空间观察，便可很快而完全地得到证实；（2）足够而不易观察的证据，如相对论、板块运动及山体升高等；（3）虽少而能相对接受的证据，如红移、黑洞及宇宙大爆炸等假说；（4）虽多而不知原因的证据，如癌症、艾滋病、萨斯等，再如美国人晒太阳容易生皮肤癌而黄种人晒太阳则不易生癌症等一类的问题；（5）稀少而又被质疑的证据，学者认为，这第五种形式的实例，就可以说是进化论。

假如生命果真由无机物逐渐进化形成的，而且是从简单至复杂、从低级至高级而不断的进化，人们在化石中就应该不难查寻确认这种进化的证据，但遗憾的是，化石的证据却十分不利于进化论的观点。地质和古生物学界之所以用寒武纪早期（约5.7亿年前）来划分“隐生宇”和“显生宇”，就是因为在寒武纪之前的地层中几乎很难找到生物化石，而在寒武纪早期，表现几十个动物门的化石却突然同时出现，这种寒武纪生命大爆炸进化论无法解释。　　

古生物学是对地层里已经灭绝的各类远古生物的遗体、遗物或遗迹进行研究的科学。它的研究主题，就是生命在地质年代更迭中的历史轨迹，也就是生命不断演化的漫长过程，从而可以进一步确定地层变动的顺序和地球演化的脉络，并能推断出地球的水陆分布和变迁，生态环境和条件的变化以及矿层形成的规律等等。古生物学家长久以来试图根据化石建构出古生物的生理机能、特定的生活方式以及与生态环境的关系。根据科学发展的需要，今日的古生物学包含古植物学、古动物学、微体古生物学、孢粉学、古人类学、古人类学等分支学科，尤其新兴的分子古生物学对传统古生物学发生了意义重大的革命性影响。从根本上说，古生物学的研究基础在于以化石为证据。据推测，在地球上先后出现的绝大部分生物物种已经灭绝。在现存200多万生物物种中，也有相当部分成面像大熊猫一类的“珍稀品种”而濒临绝种。不过，那些灭绝的物种中的大部分都留下了相当充分的化石。有学者总结说，根据以往150多年的发掘与研究，地球生命史经化石记录揭示了三个相关联的系统性特征，即爆发产生、间断与缺环以及相似与恒稳。

     “爆发产生”是指从时间上看，生物化石首次突然而完整地出现在地质年代中，缺乏假想过渡性的早期化石形态作先导。这种系统性突然出现最惊人的例子就是“寒武纪生物大爆发”现象。“间断与缺环”是指从生物界的关系上看，因假想过渡性生物化石的缺乏造成动植物不同纲目间难以逾越的差别，以及假想进化序列上各大飞跃之间的缺失环节。这些假想进化序列上的飞跃包括原核生物到真核生物，再分支到植物界与无脊椎动物，后者进化到脊椎动物、鱼类、两栖类、爬行类，然后分支到鸟类和哺乳类，直到灵长类和人类。这些大缺环，以及更多的小缺环，至今仍未找到确凿无误而又令进化论者都能信服的化石证据。例如，鸟类和人类的演化历史便是至今未决的问题。“相似与恒稳”是指生物化石在从突然出现到后来灭绝的漫长地质年代中，其形态构造非常相似。有些化石所代表的生物至今仍存在，这些生物被称为“活化石”，比如，总鳍鱼曾被认为早在7000万年前即已绝迹。但在1938年，有人却从印度洋中钓起过同样的活鱼来，由此可见，这种鱼在漫长的岁月中并没有实质的变化，不仅如此，这种鱼作为鱼类与两栖类之间过渡生物的假说也随着线粒体基因比较研究而大受质疑。事实上，系统性相似与恒稳是生物化石的普遍特征。1970年代，进化论者古尔德和和他的同事埃尔德里奇以化石的恒稳现象为依据提出了“间断平衡理论”，试图说明千百万年维持恒稳的生物物种在适当条件下可能会奇迹般地迅速进化成新种。不过，这种把在生物个体水平上进行的长期缓慢的自然选择提升变通成生物物种水平上的短时快速的成种灭种选择理论，并未真正解释新种形成的机制，也不为多数进化论者所接受。

新西兰遗传学家但顿（Michael Denton）在其著作《进化论：一种危机中的理论》（Evolution:A Theory in Crisis）的最后一段结论说：尽管进化论有崇高的地位，很多人花了很多心思力量，将生命的活力局限在达尔文主义的思想之中，但真理告诉人们：大自然并不受牢笼。直到今天，人们对新生物出现的认识仍然无知，那迷中之谜——地球上生命之始──仍然像达尔文在猎狗号上扬帆的时候一样神奇。书中，但顿还尖锐地指出：达尔文的进化论是20世纪最大的谎言。这个评价未免过于激烈和极端。其实，正像其他很多科学假说一样，进化论也包含着部分的真理，只不过远远不能穷尽真理。在目前阶段，对进化论进行毕其功于一役的想法未免太武断、太草率，全盘肯定或全盘否定还都为时过早，最可行的办法就是摆脱任何既定信仰的束缚，而进行理性的、客观的、全面的质疑。